About the service Об услуге Қызмет туралы
We sequence DNA and RNA on two complementary platforms. Sanger capillary sequencing remains the standard for reading individual fragments — PCR products, plasmids, and cloned inserts — with high per-base accuracy. Nanopore sequencing (Oxford Nanopore Technologies, ONT) produces long reads and opens up tasks that short fragments cannot solve: de novo genome assembly, full-length amplicons, metagenomics, and transcript isoforms. Мы секвенируем ДНК и РНК на двух взаимодополняющих платформах. Капиллярное секвенирование по Сэнгеру остаётся стандартом для прочтения отдельных фрагментов — ПЦР-продуктов, плазмид и клонированных вставок — с высокой точностью по каждому основанию. Нанопоровое секвенирование (Oxford Nanopore Technologies, ONT) даёт длинные прочтения и открывает задачи, недоступные коротким фрагментам: сборка геномов de novo, полноразмерные ампликоны, метагеномика и изоформы транскриптов. Біз ДНҚ мен РНҚ-ны бірін-бірі толықтыратын екі платформада секвенирлейміз. Сэнгер бойынша капиллярлық секвенирлеу жеке фрагменттерді — ПТР-өнімдерді, плазмидаларды және клондалған кірістірмелерді — әр негіз бойынша жоғары дәлдікпен оқудың стандарты болып қала береді. Нанопоралық секвенирлеу (Oxford Nanopore Technologies, ONT) ұзын оқулар береді және қысқа фрагменттерге қолжетімсіз міндеттерді шешеді: геномдарды de novo құрастыру, толық ұзындықтағы ампликондар, метагеномика және транскрипт изоформалары.
The full cycle is available: extraction and quality control of nucleic acids, library preparation, sequencing, basecalling, and bioinformatic analysis — through to assemblies, annotations, and figures ready for your project or publication. Доступен полный цикл: выделение и контроль качества нуклеиновых кислот, подготовка библиотек, секвенирование, бейсколлинг и биоинформатический анализ — вплоть до сборок, аннотаций и иллюстраций, готовых для проекта или публикации. Толық цикл қолжетімді: нуклеин қышқылдарын бөліп алу және сапасын бақылау, кітапханаларды дайындау, секвенирлеу, бейсколлинг және биоинформатикалық талдау — жобаға немесе жарияланымға дайын құрастырулар, аннотациялар мен суреттерге дейін.
Typical applications Типичные задачи Типтік тапсырмалар
- Verification of constructs, inserts, and site-directed mutationsПодтверждение конструкций, вставок и направленных мутацийКонструкцияларды, кірістірмелерді және бағытталған мутацияларды растау
- Species identification by DNA barcoding (16S, ITS, COI)Идентификация видов методом ДНК-баркодинга (16S, ITS, COI)ДНҚ-баркодинг арқылы түрлерді сәйкестендіру (16S, ITS, COI)
- De novo assembly of bacterial and small eukaryotic genomesСборка de novo бактериальных и небольших эукариотических геномовБактериялық және шағын эукариоттық геномдарды de novo құрастыру
- Microbiome and metagenome profiling of communitiesПрофилирование микробиомов и метагеномов сообществҚауымдастықтардың микробиомы мен метагеномын профильдеу
- Pathogen detection and characterizationВыявление и характеристика патогеновПатогендерді анықтау және сипаттау
- Transcriptome analysis and isoform discoveryАнализ транскриптомов и поиск изоформТранскриптомдарды талдау және изоформаларды іздеу
Sequencing services Виды секвенирования Секвенирлеу түрлері
Sanger sequencing Секвенирование по Сэнгеру Сэнгер бойынша секвенирлеу
CapillaryКапиллярноеКапиллярлықSequencing of PCR products, plasmids, and cloned inserts with your primers or standard vector primers; primer walking for longer templates. The method of choice for verifying constructs, confirming genotyping results, and screening individual mutations. Секвенирование ПЦР-продуктов, плазмид и клонированных вставок с вашими праймерами или стандартными векторными; «прогулка праймерами» для протяжённых матриц. Метод выбора для проверки конструкций, подтверждения результатов генотипирования и скрининга отдельных мутаций. ПТР-өнімдерді, плазмидаларды және клондалған кірістірмелерді сіздің праймерлеріңізбен немесе стандартты векторлық праймерлермен секвенирлеу; ұзын матрицалар үшін «праймерлермен жылжу». Конструкцияларды тексеруге, генотиптеу нәтижелерін растауға және жекелеген мутацияларды скринингтеуге таңдаулы әдіс.
ONT genome sequencing Геномное секвенирование ONT ONT геномдық секвенирлеу
Long readsДлинные прочтенияҰзын оқуларWhole-genome nanopore sequencing: de novo assembly of bacterial and small eukaryotic genomes, closing of plasmids and repeat-rich regions, detection of structural variants, and verification of large constructs — tasks where read length is decisive. Полногеномное нанопоровое секвенирование: сборка de novo бактериальных и небольших эукариотических геномов, «замыкание» плазмид и участков с повторами, выявление структурных вариантов и проверка крупных конструкций — задачи, где решающее значение имеет длина прочтения. Толық геномдық нанопоралық секвенирлеу: бактериялық және шағын эукариоттық геномдарды de novo құрастыру, плазмидалар мен қайталанулары көп аймақтарды «тұйықтау», құрылымдық варианттарды анықтау және ірі конструкцияларды тексеру — оқу ұзындығы шешуші рөл атқаратын міндеттер.
Amplicons and metagenomics Ампликоны и метагеномика Ампликондар және метагеномика
16S · ITS · COIFull-length amplicon sequencing on ONT — complete 16S rRNA, ITS, and COI instead of short fragments — for precise taxonomy; microbiome profiling and shotgun metagenomics of soil, water, clinical, and food samples, including pathogen detection. Секвенирование полноразмерных ампликонов на ONT — полные 16S рРНК, ITS и COI вместо коротких фрагментов — для точной таксономии; профилирование микробиомов и shotgun-метагеномика почвенных, водных, клинических и пищевых образцов, включая выявление патогенов. ONT платформасында толық ұзындықтағы ампликондарды секвенирлеу — қысқа фрагменттердің орнына толық 16S рРНҚ, ITS және COI — дәл таксономия үшін; топырақ, су, клиникалық және азық-түлік үлгілерінің микробиомын профильдеу және shotgun-метагеномика, патогендерді анықтауды қоса.
Transcriptomes and bioinformatics Транскриптомы и биоинформатика Транскриптомдар және биоинформатика
cDNA · RNAcDNA and direct RNA sequencing on ONT for expression profiling and full-length transcript isoforms. Every project includes basecalling and read quality control; on request — assembly, annotation, and comparative analysis by our Секвенирование кДНК и нативной РНК на ONT для профилирования экспрессии и полноразмерных изоформ транскриптов. Каждый проект включает бейсколлинг и контроль качества прочтений; по запросу — сборка, аннотация и сравнительный анализ в рамках услуги Экспрессияны профильдеу және толық ұзындықтағы транскрипт изоформалары үшін ONT платформасында кДНҚ мен нативті РНҚ-ны секвенирлеу. Әр жоба бейсколлинг пен оқулар сапасын бақылауды қамтиды; сұраныс бойынша — құрастыру, аннотациялау және салыстырмалы талдау мына қызмет аясында: data analysis and bioinformatics service«Анализ данных и биоинформатика»«Деректерді талдау және биоинформатика».
What you receive Что вы получаете Сіз не аласыз
- Raw data: chromatograms (AB1) for Sanger, FASTQ reads for ONTПервичные данные: хроматограммы (AB1) для Сэнгера, FASTQ-прочтения для ONTБастапқы деректер: Сэнгер үшін хроматограммалар (AB1), ONT үшін FASTQ-оқулар
- Quality-control report for reads and librariesОтчёт о контроле качества прочтений и библиотекОқулар мен кітапханалардың сапасын бақылау есебі
- On request: assemblies, annotations, variant tables, taxonomic profilesПо запросу: сборки, аннотации, таблицы вариантов, таксономические профилиСұраныс бойынша: құрастырулар, аннотациялар, варианттар кестелері, таксономиялық профильдер
- A written report ready for use in projects, theses, and publicationsПисьменный отчёт, готовый для использования в проектах, диссертациях и публикацияхЖобаларда, диссертацияларда және жарияланымдарда қолдануға дайын жазбаша есеп
Starting material Исходный материал Бастапқы материал
We accept purified DNA and RNA as well as raw material. Long-read sequencing is demanding on integrity — high-molecular-weight DNA is preferred; if you start from tissues or cells, extraction and quality control are performed as part of our Мы принимаем как очищенные ДНК и РНК, так и исходный материал. Секвенирование длинными прочтениями требовательно к целостности — предпочтительна высокомолекулярная ДНК; если вы предоставляете ткани или клетки, выделение и контроль качества выполняются в рамках услуги Біз тазартылған ДНҚ мен РНҚ-ны да, бастапқы материалды да қабылдаймыз. Ұзын оқулармен секвенирлеу тұтастыққа талап қояды — жоғары молекулалық ДНҚ қолайлы; ұлпа немесе жасуша берсеңіз, бөліп алу мен сапа бақылауы мына қызмет аясында орындалады: DNA and RNA extraction service«Выделение ДНК и РНК»«ДНҚ және РНҚ бөліп алу».
Sample requirements (amount, concentration, storage, shipping) are agreed individually for each project before the contract is signed. Требования к образцам (количество, концентрация, хранение, доставка) согласовываются индивидуально для каждого проекта до заключения договора. Үлгілерге қойылатын талаптар (мөлшері, концентрациясы, сақтау, жеткізу) әр жоба үшін шарт жасалғанға дейін жеке келісіледі.
Order sequencing Заказать секвенирование Секвенирлеуге тапсырыс беру
Describe your material, the target (fragment, genome, amplicon panel, transcriptome), and the expected outcome — we will recommend the platform and prepare a quote. Опишите материал, объект (фрагмент, геном, панель ампликонов, транскриптом) и ожидаемый результат — мы порекомендуем платформу и подготовим расчёт стоимости. Материалды, нысанды (фрагмент, геном, ампликондар панелі, транскриптом) және күтілетін нәтижені сипаттаңыз — біз платформаны ұсынып, құн есебін дайындаймыз.