About the service Об услуге Қызмет туралы
We perform marker-based genotyping of plants, animals, and microorganisms using a panel of complementary PCR technologies — from locus-specific SSR and STS markers to high-throughput allele-specific SNP assays (KASP, CAST-PCR) and universal multilocus DNA fingerprinting (ISSR, RAPD, iPBS). The choice of method is matched to your task: variety identification, marker-assisted selection, genetic diversity assessment, parentage verification, or mutation detection. Мы выполняем маркерное генотипирование растений, животных и микроорганизмов с использованием набора взаимодополняющих ПЦР-технологий — от локус-специфичных SSR- и STS-маркеров до высокопроизводительных аллель-специфичных SNP-систем (KASP, CAST-PCR) и универсального мультилокусного ДНК-фингерпринтинга (ISSR, RAPD, iPBS). Метод подбирается под вашу задачу: идентификация сортов, маркер-опосредованная селекция, оценка генетического разнообразия, подтверждение происхождения или выявление мутаций. Біз өсімдіктерді, жануарларды және микроорганизмдерді бірін-бірі толықтыратын ПТР-технологиялар жиынтығымен маркерлік генотиптеуден өткіземіз — локус-спецификалық SSR және STS маркерлерінен бастап жоғары өнімді аллель-спецификалық SNP-жүйелеріне (KASP, CAST-PCR) және әмбебап мультилокусты ДНҚ-фингерпринтингке (ISSR, RAPD, iPBS) дейін. Әдіс сіздің тапсырмаңызға сай таңдалады: сорттарды сәйкестендіру, маркерлік селекция, генетикалық алуантүрлілікті бағалау, шығу тегін растау немесе мутацияларды анықтау.
Assay design, primer selection, and optimization are done in-house, so we can work both with published marker sets and with markers developed de novo for your species or trait of interest. Дизайн тест-систем, подбор праймеров и оптимизация выполняются нами самостоятельно, поэтому мы работаем как с опубликованными наборами маркеров, так и с маркерами, разработанными с нуля под ваш вид или признак. Тест-жүйелерді жобалау, праймерлерді таңдау және оңтайландыру өз күшімізбен жүргізіледі, сондықтан біз жарияланған маркер жиынтықтарымен де, сіздің түріңізге немесе белгіңізге арнап жаңадан әзірленген маркерлермен де жұмыс істейміз.
Typical applications Типичные задачи Типтік тапсырмалар
- Variety and cultivar identification, seed purity testingИдентификация сортов, проверка чистоты семянСорттарды сәйкестендіру, тұқым тазалығын тексеру
- Marker-assisted selection (MAS) in breeding programsМаркер-опосредованная селекция (MAS) в селекционных программахСелекциялық бағдарламаларда маркерлік селекция (MAS)
- Genetic diversity and population structure analysisАнализ генетического разнообразия и структуры популяцийГенетикалық алуантүрлілік пен популяция құрылымын талдау
- Parentage and hybrid verificationПодтверждение происхождения и гибридностиШығу тегі мен будандықты растау
- SNP and mutation detection, including rare allelesВыявление SNP и мутаций, включая редкие аллелиSNP мен мутацияларды, оның ішінде сирек аллельдерді анықтау
- Germplasm collection passportizationПаспортизация коллекций генетических ресурсовГенетикалық ресурстар коллекцияларын паспорттау
Genotyping methods Методы генотипирования Генотиптеу әдістері
SSR / STS
CodominantКодоминантныеКодоминанттыMicrosatellite (SSR) and sequence-tagged site (STS) markers — the workhorse of variety identification, germplasm passportization, and marker-assisted selection. Locus-specific, codominant, and highly reproducible; alleles are scored by fragment analysis. Микросателлитные (SSR) и STS-маркеры — основной инструмент идентификации сортов, паспортизации генофонда и маркер-опосредованной селекции. Локус-специфичные, кодоминантные и высоковоспроизводимые; аллели определяются фрагментным анализом. Микросателлиттік (SSR) және STS маркерлері — сорттарды сәйкестендірудің, генофондты паспорттаудың және маркерлік селекцияның негізгі құралы. Локус-спецификалық, кодоминантты және жоғары қайталанғыштыққа ие; аллельдер фрагменттік талдаумен анықталады.
KASP
SNPKompetitive Allele-Specific PCR — fluorescence-based endpoint SNP genotyping. A cost-effective and scalable technology for screening known SNPs and InDels across large sample sets, widely used in breeding and trait mapping. Kompetitive Allele-Specific PCR — флуоресцентное SNP-генотипирование по конечной точке. Экономичная и масштабируемая технология скрининга известных SNP и инделов на больших выборках, широко применяемая в селекции и картировании признаков. Kompetitive Allele-Specific PCR — соңғы нүкте бойынша флуоресценттік SNP-генотиптеу. Үлкен іріктемелерде белгілі SNP мен инделдерді скрининттеуге арналған үнемді әрі ауқымды технология; селекция мен белгілерді карталауда кеңінен қолданылады.
CAST-PCR
Rare allelesРедкие аллелиСирек аллельдерCompetitive Allele-Specific TaqMan PCR — highly selective real-time PCR for detecting rare mutant alleles against a large excess of wild-type DNA. Suited for somatic mutation detection in biomedical research and for sensitive allele discrimination assays. Competitive Allele-Specific TaqMan PCR — высокоселективная ПЦР в реальном времени для выявления редких мутантных аллелей на фоне значительного избытка ДНК дикого типа. Подходит для детекции соматических мутаций в биомедицинских исследованиях и для чувствительной дискриминации аллелей. Competitive Allele-Specific TaqMan PCR — жабайы типтегі ДНҚ-ның едәуір артық мөлшері аясында сирек мутантты аллельдерді анықтауға арналған жоғары селективті нақты уақыттағы ПТР. Биомедициналық зерттеулерде соматикалық мутацияларды анықтауға және аллельдерді сезімтал ажыратуға қолайлы.
ISSR · RAPD · iPBS
FingerprintingФингерпринтингФингерпринтингMultilocus DNA fingerprinting that requires no prior sequence knowledge. ISSR and RAPD provide fast genome-wide profiles, while iPBS (inter-primer binding site) amplification exploits the universal PBS sites of retrotransposons and works across virtually all plants and other eukaryotes — ideal for diversity studies of non-model species. Мультилокусный ДНК-фингерпринтинг, не требующий предварительного знания последовательностей. ISSR и RAPD дают быстрые полногеномные профили, а iPBS-амплификация (inter-primer binding site) использует универсальные PBS-сайты ретротранспозонов и применима практически ко всем растениям и другим эукариотам — оптимально для изучения разнообразия немодельных видов. Тізбектерді алдын ала білуді қажет етпейтін мультилокусты ДНҚ-фингерпринтинг. ISSR мен RAPD жылдам толық геномдық профильдер береді, ал iPBS-амплификация (inter-primer binding site) ретротранспозондардың әмбебап PBS-сайттарын пайдаланады және іс жүзінде барлық өсімдіктер мен басқа эукариоттарға қолданылады — модельді емес түрлердің алуантүрлілігін зерттеуге өте қолайлы.
Dual-labelled qPCR probes qPCR-зонды с двойной меткой Қос таңбалы qPCR зондтары
TaqMan · MGBTaqMan, MGB, and molecular-beacon probes for quantitative allelic discrimination — allele-specific pairs with matched melting temperatures and minimal cross-reactivity, including a multiplex mode. Зонды TaqMan, MGB и molecular beacon для количественной аллельной дискриминации — аллель-специфичные пары с согласованными температурами плавления и минимальной перекрёстной реактивностью, включая мультиплексный режим. Сандық аллельдік дискриминацияға арналған TaqMan, MGB және molecular beacon зондтары — балқу температуралары үйлестірілген, айқас реактивтілігі минималды аллель-спецификалық жұптар, мультиплексті режимді қоса.
SNaPshot
MinisequencingМинисеквенированиеМинисеквенирлеуSingle-base-extension primers for multiplex SNP and InDel genotyping by capillary electrophoresis. The same chemistry also supports BAC fingerprinting and CpG-methylation minisequencing. Праймеры однонуклеотидного удлинения для мультиплексного генотипирования SNP и инделов капиллярным электрофорезом. Та же химия поддерживает BAC-фингерпринтинг и минисеквенирование CpG-метилирования. Капиллярлық электрофорезбен SNP мен инделдерді мультиплексті генотиптеуге арналған бір негізді ұзарту праймерлері. Сол химия BAC-фингерпринтинг пен CpG-метилденуді минисеквенирлеуді де қолдайды.
MLPA / digitalMLPA
LPO + RPOLigation-dependent half-probe pairs (LPO + RPO) with stuffer sequences and universal tags for copy-number, SNP, and InDel detection by capillary electrophoresis — or, for panels of up to 1000 targets, by sequencing (digitalMLPA). Лигазозависимые пары полузондов (LPO + RPO) со стаффер-последовательностями и универсальными тегами для детекции числа копий, SNP и инделов капиллярным электрофорезом — или, для панелей до 1000 мишеней, секвенированием (digitalMLPA). Көшірмелер санын, SNP мен инделдерді капиллярлық электрофорезбен — немесе 1000-ға дейінгі нысана панельдері үшін секвенирлеумен (digitalMLPA) — анықтауға арналған стаффер-тізбектері мен әмбебап тегтері бар лигазаға тәуелді жартылай зонд жұптары (LPO + RPO).
STR/SSR fragment analysis Фрагментный анализ STR/SSR STR/SSR фрагменттік талдау
Universal tailsУниверсальные хвостыӘмбебап құйрықтарFlanking primers for microsatellite genotyping by capillary-electrophoresis fragment sizing — with economical universal-tail fluorescent labelling and automatic dye and size assignment in multiplexes. Фланкирующие праймеры для генотипирования микросателлитов по размерам фрагментов в капиллярном электрофорезе — с экономичным флуоресцентным мечением через универсальные «хвосты» и автоматическим распределением красителей и размеров в мультиплексах. Микросателлиттерді капиллярлық электрофорезде фрагмент өлшемдері бойынша генотиптеуге арналған фланктеуші праймерлер — әмбебап «құйрықтар» арқылы үнемді флуоресценттік таңбалау және мультиплекстерде бояғыштар мен өлшемдерді автоматты бөлу.
PCR · Multiplex · QF-PCR
Assay designДизайн системЖүйелер дизайныA general-purpose assay-design engine covering standard, inverse, multiplex, TaqMan/MGB-probe, bisulfite, and RPA formats. The quantitative-fluorescent (QF-PCR) mode generates STR-flanking primers for gene-dosage and copy-number analysis. Универсальный дизайн тест-систем: стандартный, инвертированный, мультиплексный, TaqMan/MGB-зондовый, бисульфитный и RPA-форматы. Количественно-флуоресцентный режим (QF-PCR) генерирует STR-фланкирующие праймеры для анализа дозы генов и числа копий. Тест-жүйелердің әмбебап дизайны: стандартты, инверсті, мультиплексті, TaqMan/MGB-зондты, бисульфиттік және RPA форматтары. Сандық-флуоресценттік режим (QF-PCR) ген дозасы мен көшірмелер санын талдауға арналған STR-фланктеуші праймерлерді жасайды.
TSDR toehold exchange probes TSDR: toehold-зонды TSDR: toehold зондтары
SNPToehold-mediated strand-displacement exchange probes for high-specificity SNP and allele discrimination: the probe is tuned to a near-thermoneutral reaction and scores single-base mismatches using measured nearest-neighbour thermodynamics. Toehold-зонды обменного вытеснения цепей для высокоспецифичной дискриминации SNP и аллелей: зонд настраивается на почти термонейтральную реакцию и различает однонуклеотидные несоответствия на основе измеренной термодинамики ближайших соседей. SNP мен аллельдерді жоғары спецификалықпен ажыратуға арналған toehold-медиацияланған тізбекті ығыстырып алмастыру зондтары: зонд термобейтарапқа жуық реакцияға бапталады және бір негізді сәйкессіздіктерді жақын көршілер термодинамикасының өлшенген мәндері негізінде ажыратады.
What you receive Что вы получаете Сіз не аласыз
- Genotype tables with allele calls for every sample and markerТаблицы генотипов с аллельными профилями по каждому образцу и маркеруӘр үлгі мен маркер бойынша аллельдік профильдері бар генотип кестелері
- Primary data: electropherograms, gel images, fluorescence plotsПервичные данные: электрофореграммы, изображения гелей, графики флуоресценцииБастапқы деректер: электрофореграммалар, гель суреттері, флуоресценция графиктері
- Statistical analysis on request: diversity indices, clustering, PCoA, population structureСтатистический анализ по запросу: индексы разнообразия, кластеризация, PCoA, структура популяцийСұраныс бойынша статистикалық талдау: алуантүрлілік индекстері, кластерлеу, PCoA, популяция құрылымы
- A written report ready for use in projects, theses, and publicationsПисьменный отчёт, готовый для использования в проектах, диссертациях и публикацияхЖобаларда, диссертацияларда және жарияланымдарда қолдануға дайын жазбаша есеп
Starting material Исходный материал Бастапқы материал
We accept purified genomic DNA as well as raw material — leaves, seeds, blood, or other tissues. If you start from raw material, extraction and quality control are performed as part of our Мы принимаем как очищенную геномную ДНК, так и исходный материал — листья, семена, кровь и другие ткани. Если вы предоставляете исходный материал, выделение и контроль качества выполняются в рамках услуги Біз тазартылған геномдық ДНҚ-ны да, бастапқы материалды да — жапырақ, тұқым, қан және басқа ұлпаларды — қабылдаймыз. Бастапқы материал берсеңіз, бөліп алу мен сапа бақылауы мына қызмет аясында орындалады: DNA and RNA extraction service«Выделение ДНК и РНК»«ДНҚ және РНҚ бөліп алу».
Sample requirements (amount, storage, shipping) are agreed individually for each project before the contract is signed. Требования к образцам (количество, хранение, доставка) согласовываются индивидуально для каждого проекта до заключения договора. Үлгілерге қойылатын талаптар (мөлшері, сақтау, жеткізу) әр жоба үшін шарт жасалғанға дейін жеке келісіледі.
Order genotyping Заказать генотипирование Генотиптеуге тапсырыс беру
Describe your species, number of samples, and the question you want to answer — we will recommend the optimal marker system and prepare a quote. Опишите ваш вид, число образцов и задачу — мы порекомендуем оптимальную маркерную систему и подготовим расчёт стоимости. Түрді, үлгілер санын және тапсырманы сипаттаңыз — біз оңтайлы маркерлік жүйені ұсынып, құн есебін дайындаймыз.