DNA methylation analysis Анализ метилирования ДНК ДНҚ метилденуін талдау

Nanopore sequencing detects base modifications directly from the electrical signal of native DNA: genome-wide 5mC and 5hmC maps without bisulfite conversion and its degradation artifacts, and — thanks to long reads — methylation assigned to individual alleles and repeat regions. Нанопоровое секвенирование определяет модификации оснований непосредственно по электрическому сигналу нативной ДНК: полногеномные карты 5mC и 5hmC без бисульфитной конверсии и её деградационных артефактов, а благодаря длинным прочтениям — метилирование, отнесённое к отдельным аллелям и районам повторов. Нанопоралық секвенирлеу негіз модификацияларын нативті ДНҚ-ның электрлік сигналынан тікелей анықтайды: бисульфиттік конверсиясыз және оның деградациялық артефактілерінсіз толық геномдық 5mC және 5hmC карталары, ал ұзын оқылымдардың арқасында — жеке аллельдер мен қайталану аймақтарына жатқызылған метилдену.

Bisulfite conversion followed by Sanger sequencing of target regions and methylation-specific PCR for known loci: single-CpG resolution in the promoters you care about, an economical format for screening large sample series, and independent validation of genome-wide findings. Бисульфитная конверсия с последующим секвенированием целевых участков по Сэнгеру и метил-специфичная ПЦР для известных локусов: разрешение до отдельного CpG в интересующих промоторах, экономичный формат для скрининга больших серий образцов и независимая валидация полногеномных находок. Бисульфиттік конверсия, одан кейін нысаналы учаскелерді Сэнгер бойынша секвенирлеу және белгілі локустарға метил-спецификалық ПТР: қызықтыратын промоторларда жеке CpG-ге дейінгі ажыратымдылық, үлкен үлгі серияларын скринингтеуге үнемді формат және толық геномдық нәтижелерді тәуелсіз валидациялау.

Bioinformatics that turns methylation calls into findings: differentially methylated regions between groups, annotation against genes and regulatory elements, integration with expression data, and publication-quality visualization — with replicates and statistics planned in advance. Биоинформатика, превращающая уровни метилирования в результаты: дифференциально метилированные регионы между группами, аннотация по генам и регуляторным элементам, интеграция с данными экспрессии и визуализация публикационного качества — с повторностями и статистикой, спланированными заранее. Метилдену деңгейлерін нәтижеге айналдыратын биоинформатика: топтар арасындағы дифференциалды метилденген аймақтар, гендер мен реттеуші элементтер бойынша аннотациялау, экспрессия деректерімен біріктіру және жарияланымдық сапада визуализация — алдын ала жоспарланған қайталанулармен және статистикамен.

Stress epigenetics and epigenetic variation in crops and livestock, control of epigenetic stability in material propagated in vitro within our Эпигенетика стресса и эпигенетическая изменчивость сельскохозяйственных культур и животных, контроль эпигенетической стабильности материала, размноженного in vitro в рамках услуги Дақылдар мен жануарлардың стресс эпигенетикасы және эпигенетикалық өзгергіштігі, мына қызмет аясында in vitro көбейтілген материалдың эпигенетикалық тұрақтылығын бақылау: cell culture and plant transformation service«Клеточные культуры и трансформация растений»«Жасуша өсінділері және трансформация», and research studies of methylation markers in medical and veterinary projects — as research support, not clinical diagnostics. а также исследовательское изучение маркеров метилирования в медицинских и ветеринарных проектах — как научная поддержка, а не клиническая диагностика. сондай-ақ медициналық және ветеринариялық жобалардағы метилдену маркерлерін зерттеу — клиникалық диагностика емес, ғылыми қолдау ретінде.

TaqMan, MGB, and molecular-beacon probes for quantitative allelic discrimination — allele-specific pairs with matched melting temperatures and minimal cross-reactivity, including a multiplex mode. Зонды TaqMan, MGB и molecular beacon для количественной аллельной дискриминации — аллель-специфичные пары с согласованными температурами плавления и минимальной перекрёстной реактивностью, включая мультиплексный режим. Сандық аллельдік дискриминацияға арналған TaqMan, MGB және molecular beacon зондтары — балқу температуралары үйлестірілген, айқас реактивтілігі минималды аллель-спецификалық жұптар, мультиплексті режимді қоса.

Single-base-extension primers for multiplex SNP and InDel genotyping by capillary electrophoresis. The same chemistry also supports BAC fingerprinting and CpG-methylation minisequencing. Праймеры однонуклеотидного удлинения для мультиплексного генотипирования SNP и инделов капиллярным электрофорезом. Та же химия поддерживает BAC-фингерпринтинг и минисеквенирование CpG-метилирования. Капиллярлық электрофорезбен SNP мен инделдерді мультиплексті генотиптеуге арналған бір негізді ұзарту праймерлері. Сол химия BAC-фингерпринтинг пен CpG-метилденуді минисеквенирлеуді де қолдайды.

Ligation-dependent half-probe pairs (LPO + RPO) with stuffer sequences and universal tags for copy-number, SNP, and InDel detection by capillary electrophoresis — or, for panels of up to 1000 targets, by sequencing (digitalMLPA). Лигазозависимые пары полузондов (LPO + RPO) со стаффер-последовательностями и универсальными тегами для детекции числа копий, SNP и инделов капиллярным электрофорезом — или, для панелей до 1000 мишеней, секвенированием (digitalMLPA). Көшірмелер санын, SNP мен инделдерді капиллярлық электрофорезбен — немесе 1000-ға дейінгі нысана панельдері үшін секвенирлеумен (digitalMLPA) — анықтауға арналған стаффер-тізбектері мен әмбебап тегтері бар лигазаға тәуелді жартылай зонд жұптары (LPO + RPO).

Flanking primers for microsatellite genotyping by capillary-electrophoresis fragment sizing — with economical universal-tail fluorescent labelling and automatic dye and size assignment in multiplexes. Фланкирующие праймеры для генотипирования микросателлитов по размерам фрагментов в капиллярном электрофорезе — с экономичным флуоресцентным мечением через универсальные «хвосты» и автоматическим распределением красителей и размеров в мультиплексах. Микросателлиттерді капиллярлық электрофорезде фрагмент өлшемдері бойынша генотиптеуге арналған фланктеуші праймерлер — әмбебап «құйрықтар» арқылы үнемді флуоресценттік таңбалау және мультиплекстерде бояғыштар мен өлшемдерді автоматты бөлу.

A general-purpose assay-design engine covering standard, inverse, multiplex, TaqMan/MGB-probe, bisulfite, and RPA formats. The quantitative-fluorescent (QF-PCR) mode generates STR-flanking primers for gene-dosage and copy-number analysis. Универсальный дизайн тест-систем: стандартный, инвертированный, мультиплексный, TaqMan/MGB-зондовый, бисульфитный и RPA-форматы. Количественно-флуоресцентный режим (QF-PCR) генерирует STR-фланкирующие праймеры для анализа дозы генов и числа копий. Тест-жүйелердің әмбебап дизайны: стандартты, инверсті, мультиплексті, TaqMan/MGB-зондты, бисульфиттік және RPA форматтары. Сандық-флуоресценттік режим (QF-PCR) ген дозасы мен көшірмелер санын талдауға арналған STR-фланктеуші праймерлерді жасайды.

Toehold-mediated strand-displacement exchange probes for high-specificity SNP and allele discrimination: the probe is tuned to a near-thermoneutral reaction and scores single-base mismatches using measured nearest-neighbour thermodynamics. Toehold-зонды обменного вытеснения цепей для высокоспецифичной дискриминации SNP и аллелей: зонд настраивается на почти термонейтральную реакцию и различает однонуклеотидные несоответствия на основе измеренной термодинамики ближайших соседей. SNP мен аллельдерді жоғары спецификалықпен ажыратуға арналған toehold-медиацияланған тізбекті ығыстырып алмастыру зондтары: зонд термобейтарапқа жуық реакцияға бапталады және бір негізді сәйкессіздіктерді жақын көршілер термодинамикасының өлшенген мәндері негізінде ажыратады.