Metagenome analysis Метагеномный анализ Метагеномдық талдау

Profiling of bacterial, fungal, and eukaryotic communities by marker-gene sequencing. Full-length 16S rRNA and ITS on the ONT platform provide species-level resolution — the cost-effective approach for comparing many samples across treatments, sites, or time points. Профилирование бактериальных, грибных и эукариотических сообществ секвенированием маркерных генов. Полноразмерные 16S рРНК и ITS на платформе ONT дают разрешение до вида — экономичный подход для сравнения многих образцов по обработкам, участкам или временным точкам. Маркерлік гендерді секвенирлеу арқылы бактериялық, саңырауқұлақтық және эукариоттық қауымдастықтарды профильдеу. ONT платформасындағы толық ұзындықтағы 16S рРНҚ мен ITS түр деңгейіне дейінгі ажыратымдылық береді — көп үлгіні өңдеулер, учаскелер немесе уақыт нүктелері бойынша салыстырудың үнемді тәсілі.

Profiling of eukaryotic communities with full-length markers on ONT: 18S rRNA for protists and overall eukaryotic diversity, ITS for fungi and plants, plastid 23S rRNA for algae and phytoplankton, and COI for animals and invertebrates — including eDNA monitoring of water bodies, soil fauna surveys, and diet analysis. Профилирование эукариотических сообществ полноразмерными маркерами на ONT: 18S рРНК для протистов и общего разнообразия эукариот, ITS для грибов и растений, пластидная 23S рРНК для водорослей и фитопланктона, COI для животных и беспозвоночных — включая eDNA-мониторинг водоёмов, изучение почвенной фауны и анализ рациона. Эукариоттық қауымдастықтарды ONT платформасында толық ұзындықтағы маркерлермен профильдеу: протистер мен жалпы эукариоттық алуантүрлілік үшін 18S рРНҚ, саңырауқұлақтар мен өсімдіктер үшін ITS, балдырлар мен фитопланктон үшін пластидтік 23S рРНҚ, жануарлар мен омыртқасыздар үшін COI — су айдындарын eDNA-мониторингтеуді, топырақ фаунасын зерттеуді және рационды талдауды қоса.

Sequencing of total community DNA without a marker-gene step: strain-level taxonomy, functional gene content — including resistance and metabolic pathways — and assembly of metagenome-assembled genomes (MAGs) of uncultivated organisms from long reads. Секвенирование суммарной ДНК сообщества без ампликонной стадии: таксономия до уровня штаммов, функциональный состав генов — включая гены устойчивости и метаболические пути — и сборка геномов некультивируемых организмов (MAG) из длинных прочтений. Қауымдастықтың жиынтық ДНҚ-сын ампликондық сатысыз секвенирлеу: штамм деңгейіне дейінгі таксономия, гендердің функционалдық құрамы — төзімділік гендері мен метаболизм жолдарын қоса — және ұзын оқулардан өсірілмейтін организмдердің геномдарын (MAG) құрастыру.

Quality control and taxonomic classification of reads, alpha- and beta-diversity, ordination, differential-abundance analysis between groups, and publication-quality visualization. Statistical design of the comparison is agreed before sequencing starts. Контроль качества и таксономическая классификация прочтений, альфа- и бета-разнообразие, ординация, анализ дифференциальной представленности между группами и визуализация публикационного качества. Статистический дизайн сравнения согласовывается до начала секвенирования. Оқулардың сапасын бақылау және таксономиялық жіктеу, альфа- және бета-алуантүрлілік, ординация, топтар арасындағы дифференциалды өкілдікті талдау және жарияланымдық сапада визуализация. Салыстырудың статистикалық дизайны секвенирлеу басталғанға дейін келісіледі.

Detection of specific organisms within communities — pathogens, indicator species, spoilage organisms — and tracking of their dynamics across samples. Findings can be confirmed by targeted assays within our Выявление конкретных организмов в составе сообществ — патогенов, индикаторных видов, возбудителей порчи — и отслеживание их динамики между образцами. Находки могут быть подтверждены целевыми тестами в рамках услуги Қауымдастықтар құрамындағы нақты организмдерді — патогендерді, индикаторлық түрлерді, бүліну қоздырғыштарын — анықтау және олардың үлгілер арасындағы динамикасын бақылау. Табылған нәтижелерді мына қызмет аясында нысаналы тесттермен растауға болады: PCR analysis service«ПЦР-анализ»«ПТР-талдау».