About the service Об услуге Қызмет туралы
Proteomics measures the working layer of the cell — the proteins actually present, and in what amounts. Where our proteins-and-antibodies service handles individual molecules, proteomics operates at the omics scale: LC-MS/MS profiling identifies hundreds to thousands of proteins per sample, label-free quantification compares their abundance between conditions, and enrichment strategies reach post-translational modifications. The proteome reflects what the genome only promises, which makes it the natural companion to expression and metabolite data. Протеомика измеряет рабочий слой клетки — какие белки реально присутствуют и в каких количествах. Там, где сервис «Белки и антитела» работает с отдельными молекулами, протеомика действует в омиксном масштабе: профилирование LC-MS/MS идентифицирует сотни и тысячи белков в образце, безметочная количественная оценка сравнивает их представленность между условиями, а стратегии обогащения открывают доступ к посттрансляционным модификациям. Протеом отражает то, что геном лишь обещает, — это делает его естественным дополнением к данным экспрессии и метаболитов. Протеомика жасушаның жұмыс қабатын өлшейді — қандай ақуыздар шын мәнінде бар және қандай мөлшерде. «Ақуыздар және антиденелер» қызметі жеке молекулалармен жұмыс істейтін жерде протеомика омикс ауқымында әрекет етеді: LC-MS/MS профильдеу әр үлгіде жүздеген-мыңдаған ақуызды идентификациялайды, таңбасыз сандық бағалау олардың мөлшерін жағдайлар арасында салыстырады, ал байыту стратегиялары посттрансляциялық модификацияларға жол ашады. Протеом геном тек уәде ететінді көрсетеді — бұл оны экспрессия мен метаболит деректеріне табиғи қосымша етеді.
For non-model organisms — the everyday reality of breeding and environmental projects — we build custom protein databases from your own genome or transcriptome data, so identifications do not depend on how well your species is represented in public repositories. Для немодельных организмов — повседневной реальности селекционных и экологических проектов — мы строим пользовательские белковые базы по вашим собственным геномным или транскриптомным данным, чтобы идентификации не зависели от того, насколько ваш вид представлен в публичных репозиториях. Модельді емес организмдер үшін — селекциялық және экологиялық жобалардың күнделікті шындығы — біз сіздің өз геномдық немесе транскриптомдық деректеріңіз бойынша пайдаланушылық ақуыз дерекқорларын құрамыз, сонда идентификациялар түріңіздің ашық репозиторийлерде қаншалықты қамтылғанына тәуелді болмайды.
Typical applications Типичные задачи Типтік тапсырмалар
- Proteome comparison under stress and treatments in crops and livestockСравнение протеомов при стрессе и обработках у культур и животныхДақылдар мен жануарларда стресс және өңдеулер кезінде протеомдарды салыстыру
- Seed storage proteins and grain quality traitsЗапасные белки семян и признаки качества зернаТұқымның қор ақуыздары және астық сапасының белгілері
- Proteomes of pathogens and host–pathogen interactionsПротеомы патогенов и взаимодействия «хозяин — патоген»Патогендер протеомдары және «иесі — патоген» өзара әрекеттесулері
- Research discovery of protein biomarker candidatesИсследовательский поиск кандидатных белковых биомаркеровКандидат ақуыз биомаркерлерін зерттеу мақсатында іздеу
- Proteogenomics of non-model organisms with custom databasesПротеогеномика немодельных организмов с пользовательскими базамиПайдаланушылық дерекқорлармен модельді емес организмдердің протеогеномикасы
- Multi-omics projects: proteome with transcriptome and metabolomeМультиомиксные проекты: протеом с транскриптомом и метаболомомМультиомикс жобалары: протеом транскриптом және метаболом деректерімен
Approaches to proteomics Подходы протеомики Протеомика тәсілдері
Global (shotgun) proteomics Глобальная (shotgun) протеомика Жаһандық (shotgun) протеомика
LC-MS/MSWhole-proteome inventories of tissues, cells, and biological fluids: tryptic digestion, LC-MS/MS analysis, and database search identify hundreds to thousands of proteins per sample — the map on which every downstream comparison is built. Инвентаризация целых протеомов тканей, клеток и биологических жидкостей: трипсинолиз, анализ LC-MS/MS и поиск по базам идентифицируют сотни и тысячи белков в образце — карта, на которой строится любое последующее сравнение. Ұлпалардың, жасушалардың және биологиялық сұйықтықтардың тұтас протеомдарын түгендеу: трипсинолиз, LC-MS/MS талдауы және дерекқорлар бойынша іздеу әр үлгіде жүздеген-мыңдаған ақуызды идентификациялайды — кейінгі кез келген салыстыру құрылатын карта.
Quantitative comparison Количественное сравнение Сандық салыстыру
Label-freeLabel-free quantification of protein abundance between groups — genotypes, treatments, stress and control, developmental stages: differential-abundance statistics with replicates, batch design against instrumental drift, and results validated by targeted assays where needed. Безметочная количественная оценка представленности белков между группами — генотипами, обработками, стрессом и контролем, стадиями развития: статистика дифференциальной представленности с повторностями, дизайн серий против дрейфа прибора и, при необходимости, валидация результатов целевыми методами. Топтар — генотиптер, өңдеулер, стресс пен бақылау, даму сатылары — арасында ақуыз мөлшерін таңбасыз сандық бағалау: ақуыз мөлшері айырмашылықтарының қайталануларға негізделген статистикасы, аспап дрейфіне қарсы серия дизайны және қажет болса нәтижелерді нысаналы әдістермен валидациялау.
Post-translational modifications Посттрансляционные модификации Посттрансляциялық модификациялар
PhosphoФосфоФосфоAnalysis of phosphorylation and other post-translational modifications with enrichment of modified peptides and localization of modification sites — the signaling layer invisible to genomics and transcriptomics. Enrichment strategy and scope are agreed per project. Анализ фосфорилирования и других посттрансляционных модификаций с обогащением модифицированных пептидов и локализацией сайтов модификации — сигнальный слой, невидимый для геномики и транскриптомики. Стратегия обогащения и объём согласовываются для каждого проекта. Модификацияланған пептидтерді байыта отырып және модификация сайттарын локализациялай отырып фосфорлануды және басқа посттрансляциялық модификацияларды талдау — геномика мен транскриптомикаға көрінбейтін сигналдық қабат. Байыту стратегиясы мен көлемі әр жоба үшін келісіледі.
Proteomics bioinformatics Биоинформатика протеомики Протеомика биоинформатикасы
GO · KEGGDatabase search and quantification processing, GO and KEGG enrichment, custom databases from your genome or transcriptome for proteogenomics, and integration of the proteome with expression and metabolite data within our Поиск по базам и обработка количественных данных, обогащение по GO и KEGG, пользовательские базы по вашему геному или транскриптому для протеогеномики и интеграция протеома с данными экспрессии и метаболитов в рамках услуг Дерекқорлар бойынша іздеу және сандық деректерді өңдеу, GO және KEGG бойынша байыту, протеогеномика үшін геномыңыз немесе транскриптомыңыз бойынша пайдаланушылық дерекқорлар және протеомды экспрессия мен метаболит деректерімен мына қызметтер аясында біріктіру: data analysis«Анализ данных»«Деректерді талдау» andижәне metabolomics«Метаболомика»«Метаболомика» services.
What you receive Что вы получаете Сіз не аласыз
- Protein identification tables with search parameters and confidence metricsТаблицы идентификаций белков с параметрами поиска и метриками достоверностиІздеу параметрлері мен сенімділік көрсеткіштері бар ақуыз идентификациялары кестелері
- Quantitative results: differential abundance between groups with statisticsКоличественные результаты: дифференциальная представленность между группами со статистикойСандық нәтижелер: топтар арасындағы ақуыз мөлшерінің айырмашылықтары, статистикасымен
- Functional enrichment (GO, KEGG) and publication-quality figuresФункциональное обогащение (GO, KEGG) и иллюстрации публикационного качестваФункционалдық байыту (GO, KEGG) және жарияланымдық сападағы суреттер
- A written report with methods described for the Methods sectionПисьменный отчёт с описанием методов, готовым для раздела MethodsMethods бөліміне дайын әдістер сипаттамасы бар жазбаша есеп
Starting material Исходный материал Бастапқы материал
We accept tissues, cells, and biological fluids — snap-frozen and shipped frozen — as well as ready protein extracts. Extraction and purification with quality control, and downstream targeted validation (Western blot, ELISA, antibodies), are available within our Мы принимаем ткани, клетки и биологические жидкости — быстро замороженные и доставленные в замороженном виде, — а также готовые белковые экстракты. Выделение и очистка с контролем качества, как и последующая целевая валидация (вестерн-блоттинг, ИФА, антитела), доступны в рамках услуги Біз ұлпаларды, жасушаларды және биологиялық сұйықтықтарды — жылдам мұздатылған және мұздатылған күйде жеткізілген — сондай-ақ дайын ақуыз экстрактілерін қабылдаймыз. Сапасы бақыланатын бөліп алу мен тазарту, кейінгі нысаналы валидация да (вестерн-блоттинг, ИФТ, антиденелер) мына қызмет аясында қолжетімді: proteins and antibodies service«Белки и антитела»«Ақуыздар және антиденелер».
Study design — groups, replicates, and batch layout — is agreed before sampling; research biomarker projects are supported as science, not clinical diagnostics. Дизайн исследования — группы, повторности и раскладка серий — согласовывается до отбора; биомаркерные проекты выполняются как научные исследования, а не клиническая диагностика. Зерттеу дизайны — топтар, қайталанулар және серияларды орналастыру — іріктеуге дейін келісіледі; биомаркерлік жобалар клиникалық диагностика ретінде емес, ғылыми зерттеу ретінде орындалады.
Order proteomics Заказать протеомику Протеомикаға тапсырыс беру
Describe the organism, material, comparison groups, and whether you need a proteome inventory, quantitative comparison, or PTM analysis — we will propose the design and prepare a quote. Опишите организм, материал, группы сравнения и что требуется — инвентаризация протеома, количественное сравнение или анализ ПТМ, — мы предложим дизайн и подготовим расчёт стоимости. Организмді, материалды, салыстыру топтарын және нені қажет ететініңізді — протеомды түгендеу, сандық салыстыру немесе ПТМ талдауы — сипаттаңыз, біз дизайнды ұсынып, құн есебін дайындаймыз.