Contig: A New Open-Access Forum for Genetics, Genomics, and Breeding Contig: новый открытый форум по генетике, геномике и селекции Contig: генетика, геномика және селекцияға арналған жаңа ашық қолжетімді форум

AbstractАннотацияАңдатпа

Graphical AbstractГрафический абстрактГрафикалық аңдатпа

Mission and VisionМиссия и видениеМиссия және көзқарас

Contig was founded on the principle that scientific progress thrives on the open exchange of ideas and transparent reporting. Our mission is to publish original research, innovative methods, and comprehensive reviews that advance our understanding of living systems, from molecular mechanisms to population-level dynamics. We are particularly committed to fostering research that addresses the dynamic and complex nature of biological systems, with a special emphasis on systems biology, synthetic biology, and systems medicine.Contig основан на принципе, что научный прогресс возможен благодаря открытому обмену идеями и прозрачному представлению результатов. Наша миссия, публиковать оригинальные исследования, инновационные методы и всесторонние обзоры, углубляющие понимание живых систем от молекулярного до популяционного уровня. Мы особенно поддерживаем исследования динамики и сложности биологических систем, включая направления системной и синтетической биологии, а также системной медицины.Contig ғылыми прогресс идеялардың ашық алмасуы мен нәтижелерді айқын баяндауға сүйенеді деген қағидаға негізделген. Біздің миссиямыз, молекулалық деңгейден популяциялық деңгейге дейін тірі жүйелерді түсінуді тереңдететін түпнұсқа зерттеулерді, инновациялық әдістерді және жан-жақты шолуларды жариялау. Біз жүйелік биология, синтетикалық биология және жүйелік медицина сияқты бағыттарды қоса алғанда, биологиялық жүйелердің динамикасы мен күрделілігін зерттейтін жұмыстарды қолдаймыз.

Modern genetics and genomics require integration across traditional disciplinary boundaries. To investigate gene regulatory networks, engineer novel biological systems, or develop climate-resilient crop varieties, researchers must navigate vast datasets, sophisticated computational methods, and complex experimental designs. Contig provides a home for such integrative work, welcoming manuscripts that combine experimental rigour with computational innovation.Современная генетика и геномика требуют интеграции за пределами традиционных дисциплин. Для изучения регуляторных сетей, конструирования новых биологических систем или создания климатически устойчивых сортов необходимы большие данные, сложные вычислительные методы и продуманные экспериментальные дизайны. Contig приветствует рукописи, сочетающие экспериментальную строгость и вычислительные инновации.Қазіргі генетика мен геномика дәстүрлі пәндік шекаралардан тыс интеграцияны талап етеді. Гендік реттеу желілерін зерттеу, жаңа биожүйелерді құрастыру немесе климатқа төзімді сорттарды шығару үшін ауқымды деректермен, күрделі есептеу әдістерімен және мұқият жоспарланған эксперименттік дизайнмен жұмыс істеу қажет. Contig эксперименттік қатаңдық пен есептеу инновациясын ұштастыратын қолжазбаларды құптайды.

Scope and TopicsТематика и направленияҚамту аясы және тақырыптар

The scope of Contig is intentionally broad, reflecting the interconnected nature of modern biological science. We have published work on molecular genetics and functional genomics, bioinformatics and algorithm development, artificial intelligence and machine learning applications, biotechnology and biomedical engineering, computational biology and mathematical modeling, evolutionary and ecological genomics, gene regulation and epigenetics, quantitative imaging and phenotyping, metabolomics and systems-level metabolism, microbiome and metagenomic studies, network biology and multi-omics integration, protein science and proteomics, synthetic biology and engineered systems, systems genetics and personalized medicine, as well as plant and animal breeding, quantitative genetics, and population, medical, and conservation genomics.Тематика Contig намеренно широка и отражает взаимосвязанность современной биологической науки, охватывая фундаментальные и прикладные направления от молекулярной генетики и функциональной геномики до биоинформатики, вычислительной биологии, системной биологии и селекции. Мы также приветствуем исследования на стыке дисциплин, включая передовые вычислительные подходы, multi‑omics интеграцию, технологии фенотипирования и инженерные решения в биотехнологии.Contig қамту аясы әдейі кең және қазіргі биологиялық ғылымның өзара байланыстылығын көрсетеді, іргелі және қолданбалы бағыттарды молекулалық генетикадан бастап биоинформатикаға, есептеу және жүйелік биологияға, сондай‑ақ селекцияға дейін — біріктіреді. Біз пәнаралық тоғыстағы зерттеулерді, соның ішінде алдыңғы қатарлы есептеу тәсілдерін, multi‑omics интеграциясын, фенотиптеу технологияларын және биотехнологиядағы инженерлік шешімдерді құптаймыз.

This expansive scope reflects our belief that the most impactful discoveries often emerge at a disciplinary interface. We encourage submissions that bridge basic and applied research, connect computational predictions with experimental validation, or integrate insights from model organisms with translational applications in medicine, agriculture, and conservation.Мы убеждены, что наиболее значимые открытия часто возникают на стыке дисциплин. Поэтому мы поощряем работы, соединяющие фундаментальные и прикладные исследования, связывающие вычислительные предсказания с экспериментальной проверкой и интегрирующие результаты модельных систем с трансляционными задачами медицины, сельского хозяйства и сохранения биоразнообразия.Біз ең ықпалды жаңалықтар көбіне пәндердің түйіскен жерінде пайда болады деп сенеміз. Сондықтан біз іргелі және қолданбалы зерттеулерді байланыстыратын, есептеу болжамдарын эксперименттік тексерумен ұштастыратын және модельдік жүйелерден алынған нәтижелерді медицина, ауыл шаруашылығы және биоалуантүрлілікті сақтау сияқты трансляциялық міндеттермен біріктіретін жұмыстарды ынталандырамыз.

Editorial Standards and PrioritiesРедакционные стандарты и приоритетыРедакциялық стандарттар және басымдықтар

Contig prioritize scientific novelty, broad biological significance, and clear mechanistic insights. We value research that not only reports new findings but also provides a deeper understanding of the underlying principles. Our editorial decisions are guided by the assessment of experimental design, statistical rigor, reproducibility, and potential impact on the field.Contig отдаёт приоритет научной новизне, широкой биологической значимости и ясным механистическим выводам. Редакционные решения опираются на оценку экспериментального дизайна, статистической строгости, воспроизводимости и потенциального влияния работы на область.Contig ғылыми жаңалыққа, кең биологиялық маңыздылыққа және айқын механистік қорытындыларға басымдық береді. Редакциялық шешімдер эксперименттік дизайн, статистикалық қатаңдық, қайта өндірілу және жұмыстың салаға ықпалы тұрғысынан бағалауға негізделеді.

Reproducibility and transparency are cornerstones of editorial philosophy. We require authors to provide detailed methods, share code and data where feasible, and clearly document analytical pipelines. For computational studies, we encouraged the deposition of scripts and workflows in public repositories. For the experimental work, we asked for a comprehensive reporting of reagents, protocols, and statistical approaches. We believe that open science practices not only strengthen individual publications but also accelerate scientific progress by enabling others to build upon published work.Воспроизводимость и прозрачность, краеугольные камни нашей редакционной философии. Мы ожидаем подробного описания методов, предоставления кода и данных, где это возможно, и чёткой документации аналитических пайплайнов. Для вычислительных исследований поощряется размещение скриптов и workflow в публичных репозиториях; для экспериментальных работ, тщательная отчётность по реагентам, протоколам и статистике. Практики открытой науки укрепляют публикации и ускоряют прогресс, позволяя другим исследователям проверять и развивать опубликованные результаты.Қайта өндірілу мен ашықтық, біздің редакциялық философиямыздың өзегі. Біз әдістерді толық сипаттауды, мүмкін болса код пен деректерді ұсынуды және талдау пайплайндарын нақты құжаттауды талап етеміз. Есептеу зерттеулері үшін скрипттер мен workflow-ларды ашық репозиторийлерде жариялау құпталады; эксперименттік жұмыстар үшін реагенттер, протоколдар және статистика бойынша толық есеп беру күтіледі. Ашық ғылым тәжірибелері жарияланымдарды күшейтіп, басқа зерттеушілерге нәтижелерді тексеруге және дамытуға мүмкіндік береді.

In addition to full-length research articles, Contig welcomes reports describing new methods, software tools, databases, and other resources to advance the technical capabilities of the community. We recognize that methodological innovations are as valuable as conceptual breakthroughs and deserve rigorous peer review and wide dissemination.Помимо полноформатных исследований, Contig приветствует статьи о новых методах, программных инструментах, базах данных и других ресурсах, повышающих технические возможности сообщества. Методологические инновации столь же важны, как концептуальные прорывы, и заслуживают строгого рецензирования и широкого распространения.Толық форматты зерттеулерден бөлек, Contig жаңа әдістерді, бағдарламалық құралдарды, дерекқорларды және қауымдастықтың техникалық мүмкіндігін арттыратын өзге ресурстарды сипаттайтын мақалаларды қабылдайды. Әдістемелік инновациялар концептуалдық серпілістер сияқты маңызды және қатаң рецензия мен кең таратуға лайық.

Peer Review and Transfer OptionsРецензирование и варианты переносаРецензиялау және көшіру мүмкіндіктері

We are committed to a fair, constructive, and timely peer review. All submissions underwent rigorous evaluation by experts in the relevant fields, with editorial oversight to ensure a balanced assessment. To reduce redundant peer review and accelerate publication, Contig welcomes manuscripts accompanied by authoritative referee reports from Review Commons and other journals. Such submissions may be assessed with a reduced need for additional reviews, where feasible, allowing us to leverage existing evaluations while maintaining our editorial standards.Мы стремимся к справедливому, конструктивному и своевременному рецензированию. Все рукописи оцениваются экспертами при редакторском контроле. Чтобы снизить избыточное повторное рецензирование и ускорить публикацию, Contig принимает рукописи с авторитетными отчётами Review Commons и других журналов; в таких случаях, где это возможно, может потребоваться меньше дополнительных рецензий при сохранении стандартов качества.Біз әділ, конструктивті және уақтылы рецензиялауға міндеттіміз. Барлық қолжазбалар тиісті саланың сарапшылары тарапынан бағаланып, редакциялық қадағалаудан өтеді. Қайталанатын рецензияны азайтып, жариялауды жеделдету үшін Contig Review Commons және басқа журналдардың беделді рецензия есептерімен бірге ұсынылған қолжазбаларды қабылдайды; мұндай жағдайда сапа стандарттарын сақтай отырып, қосымша рецензия саны аз болуы мүмкін.

This approach recognizes that peer review is a collective scientific endeavours. By accepting and building on prior reviews, we aim to streamline the publication process without compromising quality, ultimately benefiting authors and readers alike.Этот подход отражает понимание того, что рецензирование, коллективное усилие научного сообщества. Используя и развивая ранее полученные отзывы, мы оптимизируем процесс публикации без компромисса по качеству, что выгодно авторам и читателям.Бұл тәсіл рецензиялау ғылыми қауымдастықтың ұжымдық еңбегі екенін мойындайды. Бұрынғы пікірлерді пайдаланып әрі дамыту арқылы біз сападан айнымай жариялау үдерісін оңтайландырамыз, бұл авторлар мен оқырмандарға пайдалы.

Open Access and Global ReachОткрытый доступ и глобальная доступностьАшық қолжетімділік және жаһандық қамту

As an open-access journal, Contig ensures that all published research is freely available to readers worldwide, thereby removing barriers to knowledge access. We believe that scientific findings, particularly those addressing global challenges in health, agriculture, and biodiversity, should be accessible to researchers, practitioners, policymakers, and the public regardless of institutional affiliation or geographic location. This commitment to openness aligns with evolving expectations in research funding and publishing ethics and positions Contig as a platform for truly global scientific collaboration.Как журнал открытого доступа, Contig обеспечивает свободный доступ ко всем опубликованным исследованиям по всему миру. Мы считаем, что результаты, особенно относящиеся к глобальным вызовам в здравоохранении, сельском хозяйстве и сохранении биоразнообразия, должны быть доступны исследователям, практикам, политикам и общественности независимо от географии и институциональной принадлежности. Эта приверженность открытости соответствует современным ожиданиям в финансировании исследований и этике публикаций и укрепляет глобальное научное сотрудничество.Ашық қолжетімді журнал ретінде Contig барлық жарияланған зерттеулердің әлем бойынша еркін қолжетімді болуын қамтамасыз етіп, білімге қолжетімділік кедергілерін жояды. Денсаулық сақтау, ауыл шаруашылығы және биоалуантүрлілікті сақтау сияқты жаһандық мәселелерге қатысты нәтижелер зерттеушілерге, практиктерге, саясаткерлерге және қоғамға географиясы мен институционалдық мәртебесіне қарамастан қолжетімді болуы тиіс деп санаймыз. Бұл ашықтық қазіргі қаржыландыру талаптары мен жариялау этикасына сай келеді және жаһандық ғылыми ынтымақтастықты нығайтады.

Multilingual Publishing and Living DocumentsМногоязычная публикация и «живые документы»Көптілді жариялау және «тірі құжаттар»

In recognition of the global nature of scientific research and the importance of linguistic accessibility, Contig adopts an innovative approach to publication by simultaneously releasing articles in three languages. This multilingual framework ensures that research findings reach broader audiences across different linguistic communities, facilitating knowledge exchange and collaboration among researchers who may prefer to read scientific literature in their native language. By removing language barriers, we aim to democratize access to cutting-edge research and foster truly inclusive scientific dialogue.Учитывая глобальный характер научных исследований и важность языковой доступности, Contig внедряет инновационный подход к публикации, одновременно выпуская статьи на трёх языках. Этот многоязычный формат позволяет результатам исследований достигать более широкой аудитории в разных языковых сообществах, облегчая обмен знаниями и сотрудничество между исследователями, предпочитающими читать научную литературу на родном языке. Снимая языковые барьеры, мы стремимся демократизировать доступ к передовым результатам и поддерживать по‑настоящему инклюзивный научный диалог.Ғылыми зерттеулердің жаһандық сипатын және тілдік қолжетімділіктің маңызын ескере отырып, Contig мақалаларды бір мезгілде үш тілде жариялау арқылы жарияланымның инновациялық моделін қабылдайды. Бұл көптілді тәсіл нәтижелердің әртүрлі тілдік қауымдастықтардағы кең аудиторияға жетуіне мүмкіндік беріп, ғылыми әдебиетті ана тілінде оқуды қалайтын зерттеушілер арасында білім алмасу мен ынтымақтастықты күшейтеді. Тілдік кедергілерді азайту арқылы біз алдыңғы қатарлы зерттеулерге қолжетімділікті кеңейтіп, шынайы инклюзивті ғылыми диалогты дамытуға ұмтыламыз.

All articles published in Contig are presented as dynamic HTML documents rather than static PDF files. This web-based format offers several advantages: enhanced readability across devices, integrated multimedia content, direct linking to references and data repositories, and improved accessibility for readers using assistive technologies. Moreover, HTML publication enables more sophisticated presentation of complex data, interactive figures, and embedded code, providing readers with richer engagement with published research.Все статьи в Contig публикуются как динамические HTML-документы, а не как статические PDF‑файлы. Такой web-формат обеспечивает ряд преимуществ: комфортное чтение на разных устройствах, интеграцию мультимедиа, прямые ссылки на литературу и репозитории данных, а также лучшую доступность для пользователей вспомогательных технологий. Кроме того, HTML‑публикация позволяет более эффективно представлять сложные данные, интерактивные рисунки и встроенный код, обеспечивая читателю более глубокое взаимодействие с опубликованными результатами.Contig-те жарияланған барлық мақалалар статикалық PDF емес, динамикалық HTML құжаттары ретінде ұсынылады. Бұл web‑негізді формат бірнеше артықшылық береді: әртүрлі құрылғыларда оқылымдылықтың жақсаруы, мультимедианы кіріктіру, әдебиеттер мен деректер репозиторийлеріне тікелей сілтемелер, сондай-ақ көмекші технологияларды пайдаланатын оқырмандар үшін қолжетімділіктің артуы. Бұдан бөлек, HTML жарияланымы күрделі деректерді, интерактивті суреттерді және ендірілген кодты анағұрлым тиімді көрсетуге мүмкіндік беріп, оқырманның жарияланған зерттеумен өзара әрекеттесуін байытады.

Perhaps most importantly, the HTML format allows Contig to implement a "living document" model. Unlike traditional print-based publishing, where errors or ambiguities remain frozen in the published record, our platform permits post-publication corrections and clarifications. Authors may request modifications to their published articles to correct errors, clarify methodology, update citations, or add supplementary information. All such changes are subject to editorial review and approval to maintain scientific integrity and prevent misuse.Наиболее важно то, что HTML-формат позволяет Contig реализовать модель "живого документа". В отличие от традиционной печатной парадигмы, где ошибки или неоднозначности остаются неизменными в опубликованной версии, наша платформа допускает послепубликационные исправления и уточнения. Авторы могут запрашивать изменения для исправления ошибок, прояснения методологии, обновления ссылок или добавления дополнительной информации. Все такие изменения проходят редакторскую проверку и утверждение, чтобы сохранить научную добросовестность и предотвратить злоупотребления.Ең бастысы, HTML форматы Contig-ке "тірі құжат" моделін іске асыруға мүмкіндік береді. Дәстүрлі баспа жарияланымдарында қателер немесе түсініксіз тұстар жарияланған күйінде "қатып" қалса, біздің платформа жарияланғаннан кейінгі түзетулер мен нақтылауларға жол береді. Авторлар қателерді түзету, әдістемені нақтылау, дәйексөздерді жаңарту немесе қосымша ақпарат енгізу үшін жарияланған мақаласына өзгеріс енгізуді сұрай алады. Мұндай өзгерістердің барлығы ғылыми адалдықты сақтап, теріс пайдаланудың алдын алу үшін редакциялық қараудан және мақұлдаудан өтеді.

When post-publication modifications are made, we maintain full transparency through version control. Each revision is clearly documented with a timestamp, description of changes, and rationale. Readers can access the complete revision history, ensuring accountability while allowing the scientific record to evolve and improve over time. This approach acknowledges that scientific understanding is iterative and that published work may benefit from refinement as new insights emerge or methodological details require elaboration. При внесении послепубликационных изменений мы обеспечиваем полную прозрачность с помощью контроля версий. Каждая редакция фиксируется с датой и временем, описанием изменений и их обоснованием. Читатели могут просматривать полную историю правок, что обеспечивает ответственность и одновременно позволяет научной записи развиваться и улучшаться со временем. Этот подход отражает итеративную природу научного знания и признаёт, что опубликованные работы могут нуждаться в уточнении по мере появления новых данных или необходимости детализации методов. Жарияланғаннан кейін өзгерістер енгізілген жағдайда біз нұсқаларды басқару арқылы толық ашықтықты қамтамасыз етеміз. Әрбір түзету уақытымен, өзгерістер сипаттамасымен және негіздемесімен бірге анық тіркеледі. Оқырмандар толық түзету тарихына қол жеткізе алады, бұл жауапкершілікті сақтай отырып, ғылыми жазбаның уақыт өте келе дамуына және жақсаруына мүмкіндік береді. Бұл тәсіл ғылыми түсініктің итеративті екенін мойындайды және жаңа пайымдар пайда болғанда немесе әдістемелік бөлшектерді нақтылау қажет болғанда жарияланған жұмысты жетілдіру пайдалы болатынын көрсетеді.

We believe this combination of multilingual accessibility and dynamic, correctable HTML publication represents a forward-looking model for scientific communication - one that prioritizes accuracy, transparency, and global reach while embracing the possibilities of digital technology. Мы считаем, что сочетание многоязычной доступности и динамической, корректируемой HTML-публикации представляет собой перспективную модель научной коммуникации, которая ставит во главу угла точность, прозрачность и глобальный охват, используя возможности цифровых технологий. Біз көптілді қолжетімділік пен динамикалық, түзетілуі мүмкін HTML-жарияланымды біріктіру ғылыми коммуникацияның болашаққа бағытталған моделін білдіреді деп санаймыз: ол цифрлық технология мүмкіндіктерін пайдалана отырып, дәлдікке, ашықтыққа және жаһандық ауқымға басымдық береді.

An Invitation to the CommunityПриглашение научному сообществуҒылыми қауымдастыққа шақыру

We invited researchers from around the world to submit this work to Contig. The development of new algorithms for genome assembly, engineering synthetic biological circuits, mapping quantitative trait loci in crop species, or integrating multi-omics data to understand disease mechanisms, Contig offers a rigorous and supportive venue for future research. We are particularly eager to hear from early career scientists, researchers in emerging scientific communities, and those working at the intersection of disciplines. Мы приглашаем исследователей со всего мира направлять свои работы в Contig. Будь то алгоритмы сборки геномов, инженерия синтетических биосхем, картирование QTL или интеграция multi-omics для понимания механизмов заболеваний, Contig предлагает строгую и поддерживающую площадку для публикации. Мы особенно приветствуем рукописи молодых учёных, исследователей из развивающихся научных сообществ и специалистов, работающих на пересечении дисциплин. Біз әлемнің түкпір-түкпіріндегі зерттеушілерді Contig журналына өз жұмыстарын ұсынуға шақырамыз. Геном жинақтау алгоритмдері, синтетикалық биожүйелер инженериясы, QTL картаға түсіру немесе ауру механизмдерін түсіну үшін multi-omics интеграциясы болсын, Contig қатаң әрі қолдаушы жариялау алаңын ұсынады. Біз әсіресе жас ғалымдардың, қалыптасып келе жатқан ғылыми қауымдастықтардың және пәнаралық тоғыстағы жобалардың қатысуына мүдделіміз.

The launch of Contig presents an opportunity to shape a new publishing forum that reflects the values and priorities of the contemporary genetics and genomics community. We welcome feedback, suggestions, and engagement as we build this journal together. Through collaborative effort and a shared commitment to scientific excellence, we aim to make Contig a valued resource for advancing knowledge and addressing the pressing biological questions of our time. Запуск Contig даёт возможность сформировать новый публикационный форум, отражающий ценности современной генетики и геномики. Мы приветствуем обратную связь и участие сообщества по мере развития журнала. Совместные усилия и приверженность научному качеству помогут сделать Contig значимым ресурсом для продвижения знаний и решения актуальных биологических задач. Contig-тің іске қосылуы қазіргі генетика мен геномика қауымдастығының құндылықтары мен басымдықтарын бейнелейтін жаңа жариялау форумын қалыптастыруға мүмкіндік береді. Біз журналды дамыту барысында кері байланыс пен белсенді қатысуды құптаймыз. Бірлескен күш‑жігер мен ғылыми сапаға адалдық Contig-ті білімді ілгерілетуге және өзекті биологиялық мәселелерді шешуге арналған құнды ресурсқа айналдырады.

We look forward to receiving your submissions and fostering a vibrant scientific community around Contig. Мы будем рады вашим рукописям и рассчитываем на формирование активного научного сообщества вокруг Contig. Біз сіздердің қолжазбаларыңызды күтеміз және Contig төңірегінде белсенді ғылыми қауымдастық қалыптастыруға ниеттіміз.