Contig

Contig — Руководство пользователя системы подачи и рецензирования

Contig — User Guide for Submission & Peer Review System

Contig — Қолжазба жіберу және рецензиялау жүйесінің пайдаланушы нұсқаулығы

Для Authors / Reviewers / Editors. Система развёрнута по адресу /Contig/. Основные функции: RBAC, загрузка файлов, статусы, ревизии, решения и повторное рецензирование.
For Authors / Reviewers / Editors. The system is deployed under /Contig/. Core features: RBAC, file uploads, workflow statuses, revision cycle, decisions, and version-aware re-review.
Авторларға / рецензенттерге / редакторларға арналған. Жүйе /Contig/ мекенжайында орналастырылған. Негізгі мүмкіндіктер: RBAC, файлдарды жүктеу, мәртебелер, түзетулер, шешімдер және нұсқаны ескеретін қайта рецензиялау.
Быстрый стартQuick startЖылдам бастау АвторыAuthorsАвторлар РецензентыReviewersРецензенттер РедакторыEditorsРедакторлар

Быстрый старт

Quick start

Жылдам бастау

URL https://genes.kz/Contig/
ВходLoginКіру /Contig/login РегистрацияRegisterТіркелу /Contig/register Сброс пароляPassword resetҚұпиясөзді қалпына келтіру /Contig/forgot
  1. Откройте /Contig/login и войдите с email и паролем.
  2. Если забыли пароль — нажмите Forgot password (или откройте /Contig/forgot).
  3. После входа система перенаправит на роль-ориентированную страницу:
    • AUTHOR → /Contig/author/submissions
    • REVIEWER → /Contig/reviewer/invitations
    • AE/EIC/ADMIN → /Contig/editor/triage
  1. Open /Contig/login and sign in with your email and password.
  2. If you forgot the password, click Forgot password (or open /Contig/forgot).
  3. After login, the system redirects to a role-specific dashboard:
    • AUTHOR → /Contig/author/submissions
    • REVIEWER → /Contig/reviewer/invitations
    • AE/EIC/ADMIN → /Contig/editor/triage
  1. /Contig/login бетін ашып, электрондық пошта мен құпиясөзбен кіріңіз.
  2. Құпиясөзді ұмытсаңыз — Forgot password түймесін басыңыз (немесе /Contig/forgot бетін ашыңыз).
  3. Кіргеннен кейін жүйе рөлге сәйкес бетке бағыттайды:
    • AUTHOR → /Contig/author/submissions
    • REVIEWER → /Contig/reviewer/invitations
    • AE/EIC/ADMIN → /Contig/editor/triage
Если у вас несколько ролей (например, AUTHOR+REVIEWER), используйте навигацию в меню/ссылки из Dashboard.
If you have multiple roles (e.g., AUTHOR+REVIEWER), use the navigation menu/links from the Dashboard to switch contexts.
Егер сізде бірнеше рөл болса (мысалы, AUTHOR+REVIEWER), контексті ауыстыру үшін мәзірдегі навигацияны немесе Dashboard сілтемелерін пайдаланыңыз.

Содержание

Contents

Мазмұны

1. Жизненный цикл рукописи и статусы 1. Manuscript lifecycle and statuses1. Қолжазбаның өмірлік циклі және мәртебелері 2. Файлы и загрузка документов 2. Files and uploads2. Файлдар және құжаттарды жүктеу 3. Инструкция для Авторов 3. Author guide3. Авторларға арналған нұсқаулық 4. Инструкция для Рецензентов 4. Reviewer guide4. Рецензенттерге арналған нұсқаулық 5. Инструкция для Редакторов 5. Editor guide5. Редакторларға арналған нұсқаулық 6. Revision cycle и повторное рецензирование 6. Revision cycle and re-review6. Түзету циклі және қайта рецензиялау 7. Безопасность и типовые ошибки 7. Security and common issues7. Қауіпсіздік және жиі кездесетін мәселелер 8. Поддержка 8. Support8. Қолдау

1. Жизненный цикл рукописи и статусы

1. Manuscript lifecycle and statuses

1. Қолжазбаның өмірлік циклі және мәртебелері

Статусы показываются в интерфейсах Author/Editor. Точный набор может быть расширен, но базовый workflow такой:

Statuses are visible in the Author/Editor interfaces. The exact set can be extended, but the baseline workflow is:

Мәртебелер автор/редактор интерфейстерінде көрсетіледі. Нақты жиынтық кеңейтілуі мүмкін, бірақ негізгі жұмыс процесі мынадай:

СтатусСмысл StatusМәртебеMeaningМәні
SUBMITTED Рукопись подана автором. Submitted by the author.Автор қолжазбаны жіберді.
TECH_CHECK Техническая проверка (файлы, формат, этика). Technical check (files, format, ethics).Техникалық тексеру (файлдар, формат, этика).
REVIEWER_INVITE Редактор приглашает рецензентов. Editor is inviting reviewers.Редактор рецензенттерді шақырады.
UNDER_REVIEW Идёт рецензирование. Under review.Рецензиялау жүріп жатыр.
REVISION_REQUESTED Запрошена доработка (minor/major). Revision requested (minor/major).Түзету сұралды (minor/major).
REVISION_SUBMITTED Автор подал исправленную версию. Author submitted a revised version.Автор түзетілген нұсқаны жіберді.
DECISION_MADE Принято редакционное решение. Editorial decision recorded.Редакциялық шешім қабылданды.
REJECTED Отклонено (финальный статус). Rejected (final state).Қабылданбады (соңғы мәртебе).
ACCEPTED / PRODUCTION / PUBLISHED Принято → производство → опубликовано (финальные статусы). Accepted → production → published (final states).Қабылданды → өндіріс → жарияланды (соңғы мәртебелер).
В финальных статусах (REJECTED, PUBLISHED) повторное рецензирование и новые ревизии должны быть заблокированы.
In final states (REJECTED, PUBLISHED), re-review and new revisions should be blocked.
Соңғы мәртебелерде (REJECTED, PUBLISHED) қайта рецензиялау және жаңа түзетулер бұғатталуы тиіс.

2. Файлы и загрузка документов

2. Files and uploads

2. Файлдар және құжаттарды жүктеу

2.1 Типы файлов

2.1 File types

2.1 Файл түрлері

  • MAIN_DOC — основной текст (DOCX/PDF).
  • SUPPLEMENT — приложения/таблицы/данные (ZIP/XLSX/PDF).
  • FIGURES — рисунки (PNG/TIF/SVG/ZIP).
  • COVER_LETTER — сопроводительное письмо (опционально).
  • RESPONSE_TO_REVIEWERS — ответ рецензентам (для ревизий).
  • MAIN_DOC — main manuscript (DOCX/PDF).
  • SUPPLEMENT — supplementary data (ZIP/XLSX/PDF).
  • FIGURES — figures (PNG/TIF/SVG/ZIP).
  • COVER_LETTER — cover letter (optional).
  • RESPONSE_TO_REVIEWERS — response to reviewers (for revisions).
  • MAIN_DOC — негізгі мәтін (DOCX/PDF).
  • SUPPLEMENT — қосымшалар/кестелер/деректер (ZIP/XLSX/PDF).
  • FIGURES — суреттер (PNG/TIF/SVG/ZIP).
  • COVER_LETTER — ілеспе хат (міндетті емес).
  • RESPONSE_TO_REVIEWERS — рецензенттерге жауап (түзетулер үшін).

2.2 Скачивание

2.2 Download

2.2 Жүктеп алу

  • В списках файлов используйте кнопку/ссылку Open.
  • Система выдаёт файл через защищённый endpoint (например, /Contig/download?id=…).
  • Use the Open link/button in file lists.
  • Files are delivered via protected endpoints (e.g., /Contig/download?id=…).
  • Файлдар тізімінде Open сілтемесін/түймесін пайдаланыңыз.
  • Файлдар қорғалған endpoint арқылы беріледі (мысалы, /Contig/download?id=…).
Рекомендуется хранить загрузки выше public webroot (например, /Contig/storage/uploads) и выдавать файлы только через контроллеры с проверкой прав (RBAC).
Recommended: store uploads above the public webroot (e.g., /Contig/storage/uploads) and expose them only through controllers with RBAC checks.
Ұсынылады: жүктелген файлдарды public webroot-тан жоғары сақтаңыз (мысалы, /Contig/storage/uploads) және оларды тек RBAC тексерісі бар контроллерлер арқылы беріңіз.

3. Инструкция для Авторов

3. Author guide

3. Авторларға арналған нұсқаулық

3.1 Вход и профиль

3.1 Login and account

3.1 Кіру және тіркелгі

  1. Откройте /Contig/login и войдите.
  2. Если аккаунта нет — зарегистрируйтесь через /Contig/register.
  3. Если забыли пароль — используйте /Contig/forgot, получите письмо и задайте новый пароль.
  1. Open /Contig/login and sign in.
  2. If you do not have an account, register at /Contig/register.
  3. If you forgot the password, use /Contig/forgot, receive an email, and set a new password.
  1. /Contig/login бетін ашып, кіріңіз.
  2. Тіркелгіңіз болмаса — /Contig/register арқылы тіркеліңіз.
  3. Құпиясөзді ұмытсаңыз — /Contig/forgot бетін пайдаланыңыз, хатты алыңыз да, жаңа құпиясөз орнатыңыз.

3.2 Подача новой рукописи

3.2 New submission

3.2 Жаңа қолжазба жіберу

  1. Перейдите в /Contig/author/submissions.
  2. Нажмите New submission (или откройте /Contig/author/new).
  3. Заполните метаданные (название, аннотация и т.п.).
  4. Загрузите обязательные файлы (минимум MAIN_DOC).
  5. Отправьте форму. Статус станет SUBMITTED.
  1. Go to /Contig/author/submissions.
  2. Click New submission (or open /Contig/author/new).
  3. Fill in the manuscript metadata (title, abstract, etc.).
  4. Upload required files (at minimum MAIN_DOC).
  5. Submit the form. Status becomes SUBMITTED.
  1. /Contig/author/submissions бетіне өтіңіз.
  2. New submission түймесін басыңыз (немесе /Contig/author/new бетін ашыңыз).
  3. Метадеректерді толтырыңыз (атауы, аннотациясы, т.б.).
  4. Міндетті файлдарды жүктеңіз (кемінде MAIN_DOC).
  5. Форманы жіберіңіз. Мәртебе SUBMITTED болады.

3.3 Просмотр поданной рукописи

3.3 View your submission

3.3 Жіберілген қолжазбаны қарау

  • Откройте карточку рукописи: /Contig/author/view?id=….
  • Проверьте список файлов и статусы.
  • При необходимости скачайте загруженные документы.
  • Open: /Contig/author/view?id=….
  • Check file list and current status.
  • Download files as needed.
  • Қолжазба картасын ашыңыз: /Contig/author/view?id=….
  • Файлдар тізімі мен ағымдағы мәртебені тексеріңіз.
  • Қажет болса, жүктелген құжаттарды жүктеп алыңыз.

3.4 Решение редактора

3.4 Editorial decision

3.4 Редакциялық шешім

  • Если решение принято, доступна страница: /Contig/author/decision?id=….
  • Там будет письмо автору и код решения: ACCEPT, MINOR, MAJOR, REJECT.
  • When a decision is recorded, use: /Contig/author/decision?id=….
  • You will see the decision letter and decision code: ACCEPT, MINOR, MAJOR, REJECT.
  • Шешім қабылданса, мына бет қолжетімді: /Contig/author/decision?id=….
  • Онда авторға арналған хат пен шешім коды болады: ACCEPT, MINOR, MAJOR, REJECT.

3.5 Подача ревизии (Revision)

3.5 Submit a revision

3.5 Түзетілген нұсқаны жіберу (Revision)

  1. Если статус REVISION_REQUESTED, откройте: /Contig/author/revision?id=….
  2. Загрузите новую версию рукописи (например, MAIN_DOC), а также RESPONSE_TO_REVIEWERS (желательно).
  3. Добавьте “Note to editor” (кратко: что изменили).
  4. Отправьте. Статус станет REVISION_SUBMITTED, а система создаст новую версию (v2, v3, …).
  1. If status is REVISION_REQUESTED, open: /Contig/author/revision?id=….
  2. Upload the revised manuscript (e.g., MAIN_DOC) and preferably RESPONSE_TO_REVIEWERS.
  3. Add a “Note to editor” summarizing changes.
  4. Submit. Status becomes REVISION_SUBMITTED and a new version (v2, v3, …) is created.
  1. Егер мәртебе REVISION_REQUESTED болса, мынаны ашыңыз: /Contig/author/revision?id=….
  2. Қолжазбаның жаңа нұсқасын (мысалы, MAIN_DOC), сондай-ақ RESPONSE_TO_REVIEWERS (жөн болады) жүктеңіз.
  3. “Note to editor” қосыңыз (қысқаша: нені өзгерткеніңіз).
  4. Жіберіңіз. Мәртебе REVISION_SUBMITTED болады, ал жүйе жаңа нұсқа жасайды (v2, v3, …).
Рекомендуется давать версии файлов с понятными именами: Manuscript_v2.docx, Response_v2.pdf.
Use clear versioned filenames: Manuscript_v2.docx, Response_v2.pdf.
Файлдарға түсінікті, нұсқасы көрсетілген атаулар беріңіз: Manuscript_v2.docx, Response_v2.pdf.

4. Инструкция для Рецензентов

4. Reviewer guide

4. Рецензенттерге арналған нұсқаулық

4.1 Приглашения

4.1 Invitations

4.1 Шақырулар

  1. После входа откройте /Contig/reviewer/invitations.
  2. Вы увидите список приглашений со статусом (INVITED, ACCEPTED, DECLINED, COMPLETED).
  3. Нажмите Accept или Decline. При наличии конфликта интересов отметьте COI.
  1. After login, open /Contig/reviewer/invitations.
  2. You will see invitations with statuses (INVITED, ACCEPTED, DECLINED, COMPLETED).
  3. Click Accept or Decline. If you have a conflict of interest, mark COI accordingly.
  1. Кіргеннен кейін /Contig/reviewer/invitations бетін ашыңыз.
  2. Сіз мәртебесі бар шақырулар тізімін көресіз (INVITED, ACCEPTED, DECLINED, COMPLETED).
  3. Accept немесе Decline түймесін басыңыз. Мүдделер қақтығысы болса, COI деп белгілеңіз.

4.2 Подача рецензии

4.2 Submit a review

4.2 Рецензия жіберу

  1. После принятия приглашения появится кнопка Submit review.
  2. Заполните:
    • Рекомендацию: ACCEPT / MINOR / MAJOR / REJECT
    • Комментарии автору (обязательно; минимум 50 символов)
    • Комментарии редактору (опционально)
    • При необходимости — прикрепите annotated PDF
  3. Нажмите Submit. Статус приглашения станет COMPLETED.
  1. After accepting an invitation, you will see Submit review.
  2. Provide:
    • Recommendation: ACCEPT / MINOR / MAJOR / REJECT
    • Comments to author (required; minimum 50 characters)
    • Comments to editor (optional)
    • Optional annotated PDF upload
  3. Click Submit. The invitation becomes COMPLETED.
  1. Шақыруды қабылдағаннан кейін Submit review түймесі көрінеді.
  2. Мынаны толтырыңыз:
    • Ұсыным: ACCEPT / MINOR / MAJOR / REJECT
    • Авторға арналған пікірлер (міндетті; кемінде 50 таңба)
    • Редакторға арналған пікірлер (міндетті емес)
    • Қажет болса — аннотацияланған PDF тіркеңіз
  3. Submit түймесін басыңыз. Шақыру мәртебесі COMPLETED болады.
Повторная подача рецензии “поверх” уже отправленной должна быть заблокирована: одна рецензия на одно приглашение.
Re-submitting a review over an already submitted one must be blocked: one review per invitation.
Жіберілген рецензияның “үстінен” қайта жіберу бұғатталуы тиіс: бір шақыруға бір рецензия.

4.3 Повторное рецензирование (Re-review)

4.3 Re-review

4.3 Қайта рецензиялау (Re-review)

  • Если автор подал новую версию (например, v2), редактор создаёт новое приглашение, привязанное к этой версии.
  • В интерфейсе вы увидите, к какой версии относится приглашение (v2, v3…).
  • When a new revision is submitted (e.g., v2), the editor issues a new invitation bound to that version.
  • The UI shows the version associated with the invitation (v2, v3…).
  • Автор жаңа нұсқаны (мысалы, v2) жібергенде, редактор осы нұсқаға байланысты жаңа шақыру жасайды.
  • Интерфейсте шақыру қай нұсқаға қатысты екенін көресіз (v2, v3…).

5. Инструкция для Редакторов

5. Editor guide

5. Редакторларға арналған нұсқаулық

5.1 Triage

5.1 Triage

5.1 Triage

  1. Откройте /Contig/editor/triage.
  2. Просмотрите новые поступления (статус SUBMITTED).
  3. Откройте рукопись: /Contig/editor/manuscript?id=….
  1. Open /Contig/editor/triage.
  2. Review new submissions (status SUBMITTED).
  3. Open a manuscript: /Contig/editor/manuscript?id=….
  1. /Contig/editor/triage бетін ашыңыз.
  2. Жаңа түскен қолжазбаларды қараңыз (мәртебесі SUBMITTED).
  3. Қолжазбаны ашыңыз: /Contig/editor/manuscript?id=….

5.2 Назначение рецензентов

5.2 Invite reviewers

5.2 Рецензенттерді шақыру

  1. В карточке рукописи используйте блок Invite reviewer.
  2. Выберите рецензента, при необходимости задайте due date.
  3. Отправьте приглашение — появится запись в Invitations.
  1. In the manuscript page, use the Invite reviewer block.
  2. Select a reviewer and optionally set a due date.
  3. Send the invitation; it will appear in the Invitations list.
  1. Қолжазба картасында Invite reviewer блогын пайдаланыңыз.
  2. Рецензентті таңдап, қажет болса due date (мерзім) қойыңыз.
  3. Шақыруды жіберіңіз — ол Invitations тізімінде пайда болады.

5.3 Управление статусом

5.3 Status management

5.3 Мәртебені басқару

  • В карточке рукописи выберите статус и нажмите Update.
  • Все изменения фиксируются в Status history.
  • On the manuscript page, select a status and click Update.
  • All changes are recorded in Status history.
  • Қолжазба картасында мәртебені таңдап, Update түймесін басыңыз.
  • Барлық өзгерістер Status history ішінде тіркеледі.

5.4 Редакционное решение

5.4 Editorial decision

5.4 Редакциялық шешім

  1. В карточке рукописи заполните Editorial decision.
  2. Выберите код решения и подготовьте письмо автору.
  3. Опционально приложите PDF.
  4. Сохраните решение. Статус обычно становится DECISION_MADE (или REJECTED для финального отказа).
  1. Fill Editorial decision on the manuscript page.
  2. Select a decision code and write the letter to the author.
  3. Optionally attach a PDF.
  4. Save. The status typically becomes DECISION_MADE (or REJECTED for a final rejection).
  1. Қолжазба картасында Editorial decision бөлімін толтырыңыз.
  2. Шешім кодын таңдап, авторға арналған хатты дайындаңыз.
  3. Қажет болса PDF тіркеңіз.
  4. Сақтаңыз. Мәртебе әдетте DECISION_MADE болады (немесе соңғы бас тарту үшін REJECTED).
Практика: для MINOR/MAJOR ставьте статус REVISION_REQUESTED, чтобы автор увидел форму ревизии.
Recommended: for MINOR/MAJOR, set status REVISION_REQUESTED so authors can submit a revision.
Ұсынылады: MINOR/MAJOR үшін REVISION_REQUESTED мәртебесін қойыңыз, сонда автор түзету формасын көреді.

6. Revision cycle и повторное рецензирование

6. Revision cycle and re-review

6. Түзету циклі және қайта рецензиялау

6.1 Версии рукописи

6.1 Manuscript versions

6.1 Қолжазба нұсқалары

  • Каждая поданная ревизия создаёт запись версии (v2, v3, …) в таблице версий.
  • Файлы ревизии сохраняются отдельно и отображаются как “Revision files”.
  • Each submitted revision creates a new version record (v2, v3, …).
  • Revision files are stored separately and shown as “Revision files”.
  • Әрбір жіберілген түзету нұсқа жазбасын жасайды (v2, v3, …).
  • Түзету файлдары бөлек сақталып, “Revision files” ретінде көрсетіледі.

6.2 Привязка приглашений к версиям

6.2 Version binding for invitations

6.2 Шақыруларды нұсқаларға байланыстыру

  • Каждое приглашение рецензента должно иметь version_id (к какой версии относится review).
  • После новой ревизии создавайте новые приглашения для re-review (новая версия → новое приглашение).
  • Each reviewer invitation should include version_id (which version the review applies to).
  • After a new revision, issue new invitations for re-review (new version → new invitation).
  • Әрбір рецензент шақыруында version_id болуы тиіс (рецензия қай нұсқаға қатысты екені).
  • Жаңа түзетуден кейін қайта рецензиялау үшін жаңа шақырулар жасаңыз (жаңа нұсқа → жаңа шақыру).

6.3 Блокировка повторной отправки рецензии

6.3 Blocking duplicate reviews

6.3 Қайталанған рецензияларды бұғаттау

  • Одна рецензия на одно приглашение: если review уже создан, повторная отправка должна быть заблокирована.
  • При необходимости повторного рецензирования — создаётся новое приглашение, привязанное к новой версии.
  • One review per invitation: if a review already exists, re-submission must be blocked.
  • For re-review, create a new invitation bound to the new version.
  • Бір шақыруға бір рецензия: егер рецензия бұрыннан бар болса, қайта жіберу бұғатталуы тиіс.
  • Қайта рецензиялау қажет болса — жаңа нұсқаға байланысты жаңа шақыру жасалады.

7. Безопасность и типовые ошибки

7. Security and common issues

7. Қауіпсіздік және жиі кездесетін мәселелер

  • RBAC: доступ к страницам ограничен ролями. При ошибке доступа ожидайте HTTP 403/redirect.
  • CSRF: формы используют CSRF-токены. Если видите “Bad CSRF” — обновите страницу и повторите.
  • Скачивание файлов: ссылки вида ?id=… должны содержать только целые числа; “Bad id” указывает на ошибку шаблона.
  • Хранение секретов: не публикуйте DB-пароли. Используйте переменные окружения или закрытые конфиги.
  • RBAC: pages are protected by roles. On unauthorized access, expect HTTP 403/redirect.
  • CSRF: forms use CSRF tokens. If you see “Bad CSRF”, refresh the page and try again.
  • File downloads: ?id=… must be an integer; “Bad id” indicates a template/link bug.
  • Secrets: never publish DB passwords. Use environment variables or private configs.
  • RBAC: беттерге қол жеткізу рөлдермен шектелген. Рұқсат қатесінде HTTP 403/қайта бағыттауды күтіңіз.
  • CSRF: формалар CSRF-токендерді пайдаланады. “Bad CSRF” көрсеңіз — бетті жаңартып, қайталаңыз.
  • Файлдарды жүктеп алу: ?id=… түріндегі сілтемелер тек бүтін сандардан тұруы тиіс; “Bad id” шаблон/сілтеме қатесін көрсетеді.
  • Құпияларды сақтау: ДБ құпиясөздерін жарияламаңыз. Орта айнымалыларын немесе жабық конфигтерді пайдаланыңыз.

8. Поддержка

8. Support

8. Қолдау

При проблемах подготовьте следующие данные:

When reporting an issue, please provide:

Мәселе туындағанда мына деректерді дайындаңыз:

  • URL страницы и роль пользователя (AUTHOR/REVIEWER/EDITOR).
  • Скриншот ошибки или текст сообщения.
  • Время (локальное) и ID рукописи/приглашения, если применимо.
  • Page URL and user role (AUTHOR/REVIEWER/EDITOR).
  • Error screenshot or message text.
  • Local time and manuscript/invitation ID where applicable.
  • Беттің URL-і және пайдаланушы рөлі (AUTHOR/REVIEWER/EDITOR).
  • Қате скриншоты немесе хабарлама мәтіні.
  • Жергілікті уақыт және қажет болса қолжазба/шақыру ID-і.

Администратор может дополнительно проверить логи сервера (Apache/Nginx/PHP error_log) и таблицы workflow.

Admins can also check server logs (Apache/Nginx/PHP error_log) and workflow tables.

Әкімші сервер логтарын (Apache/Nginx/PHP error_log) және жұмыс процесі кестелерін қосымша тексере алады.