Contig

Contig — Руководство пользователя системы подачи и рецензирования

Contig — User Guide for Submission & Peer Review System

Contig — Пайдаланушы нұсқаулығы for Submission & Peer Review System

Для Authors / Reviewers / Editors. Система развёрнута по адресу /Contig/. Основные функции: RBAC, загрузка файлов, статусы, ревизии, решения и повторное рецензирование.
For Authors / Reviewers / Editors. The system is deployed under /Contig/. Core features: RBAC, file uploads, workflow statuses, revision cycle, decisions, and version-aware re-review.
For Авторлар / Рецензенттер / Редакторлар. The system is deployed under /Contig/. Core features: RBAC, файл жүктеуs, workflow мәртебеes, түзету нұсқасы cycle, шешімs, and version-aware re-рецензия.
Быстрый стартQuick startЖылдам бастау АвторыAuthorsАвторлар РецензентыReviewersРецензенттер РедакторыEditorsРедакторлар

Быстрый старт

Quick start

Жылдам бастау

URL https://genes.kz/Contig/
ВходLoginLogin /Contig/login РегистрацияRegister /Contig/register Сброс пароляPassword reset /Contig/forgot
  1. Откройте /Contig/login и войдите с email и паролем.
  2. Если забыли пароль — нажмите Forgot password (или откройте /Contig/forgot).
  3. После входа система перенаправит на роль-ориентированную страницу:
    • AUTHOR → /Contig/author/submissions
    • REVIEWER → /Contig/reviewer/invitations
    • AE/EIC/ADMIN → /Contig/editor/triage
  1. Open /Contig/login and sign in with your email and password.
  2. If you forgot the password, click Forgot password (or open /Contig/forgot).
  3. After login, the system redirects to a role-specific dashboard:
    • AUTHOR → /Contig/author/submissions
    • REVIEWER → /Contig/reviewer/invitations
    • AE/EIC/ADMIN → /Contig/editor/triage
  1. Ашыңыз /Contig/кіру and Кіру with your электрондық пошта and құпиясөз.
  2. If you forgot the құпиясөз, басыңыз Forgot құпиясөз (or ашыңыз /Contig/forgot).
  3. After кіру, the system redirects to a role-specific dashboard:
    • AUTHOR → /Contig/author/қолжазбаны тапсыруs
    • REVIEWER → /Contig/рецензияer/invitations
    • AE/EIC/ADMIN → /Contig/editor/triage
Если у вас несколько ролей (например, AUTHOR+REVIEWER), используйте навигацию в меню/ссылки из Dashboard.
If you have multiple roles (e.g., AUTHOR+REVIEWER), use the navigation menu/links from the Dashboard to switch contexts.
If you have multiple roles (e.g., AUTHOR+REVIEWER), use the navigation menu/links from the Dashboard to switch contexts.

Содержание

Contents

Мазмұны

1. Жизненный цикл рукописи и статусы 1. Manuscript lifecycle and statuses1. Қолжазба lifecycle and мәртебеes 2. Файлы и загрузка документов 2. Files and uploads2. Files and жүктеуs 3. Инструкция для Авторов 3. Author guide3. Автор guide 4. Инструкция для Рецензентов 4. Reviewer guide4. Рецензент guide 5. Инструкция для Редакторов 5. Editor guide5. Редактор guide 6. Revision cycle и повторное рецензирование 6. Revision cycle and re-review6. Түзету нұсқасы cycle and re-рецензия 7. Безопасность и типовые ошибки 7. Security and common issues7. Қауіпсіздік and жиі кездесетін мәселелер 8. Поддержка 8. Support8. Қолдау

1. Жизненный цикл рукописи и статусы

1. Manuscript lifecycle and statuses

1. Қолжазба lifecycle and мәртебеes

Статусы показываются в интерфейсах Author/Editor. Точный набор может быть расширен, но базовый workflow такой:

Statuses are visible in the Author/Editor interfaces. The exact set can be extended, but the baseline workflow is:

Мәртебеes are visible in the Автор/Редактор interfaces. The exact set can be extended, but the baseline workflow is:

СтатусСмысл StatusМәртебеMeaningMeaning
SUBMITTED Рукопись подана автором. Submitted by the author.Тапсыруted by the author.
TECH_CHECK Техническая проверка (файлы, формат, этика). Technical check (files, format, ethics).Technical check (файлдар, формаat, ethics).
REVIEWER_INVITE Редактор приглашает рецензентов. Editor is inviting reviewers.Редактор is inviting рецензияers.
UNDER_REVIEW Идёт рецензирование. Under review.Under рецензия.
REVISION_REQUESTED Запрошена доработка (minor/major). Revision requested (minor/major).Түзету нұсқасы requested (minor/major).
REVISION_SUBMITTED Автор подал исправленную версию. Author submitted a revised version.Автор тапсыруted a revised version.
DECISION_MADE Принято редакционное решение. Editorial decision recorded.Редакциялық шешім recorded.
REJECTED Отклонено (финальный статус). Rejected (final state).қабылданбады (final state).
ACCEPTED / PRODUCTION / PUBLISHED Принято → производство → опубликовано (финальные статусы). Accepted → production → published (final states).қабылданды → production → published (final states).
В финальных статусах (REJECTED, PUBLISHED) повторное рецензирование и новые ревизии должны быть заблокированы.
In final states (REJECTED, PUBLISHED), re-review and new revisions should be blocked.
In final states (қабылданбады, PUBLISHED), re-рецензия and new түзету нұсқалары should be blocked.

2. Файлы и загрузка документов

2. Files and uploads

2. Files and жүктеуs

2.1 Типы файлов

2.1 File types

2.1 File types

  • MAIN_DOC — основной текст (DOCX/PDF).
  • SUPPLEMENT — приложения/таблицы/данные (ZIP/XLSX/PDF).
  • FIGURES — рисунки (PNG/TIF/SVG/ZIP).
  • COVER_LETTER — сопроводительное письмо (опционально).
  • RESPONSE_TO_REVIEWERS — ответ рецензентам (для ревизий).
  • MAIN_DOC — main manuscript (DOCX/PDF).
  • SUPPLEMENT — supplementary data (ZIP/XLSX/PDF).
  • FIGURES — figures (PNG/TIF/SVG/ZIP).
  • COVER_LETTER — cover letter (optional).
  • RESPONSE_TO_REVIEWERS — response to reviewers (for revisions).
  • MAIN_DOC — main қолжазба (DOCX/PDF).
  • SUPPLEMENT — supplementary data (ZIP/XLSX/PDF).
  • FIGURES — figures (PNG/TIF/SVG/ZIP).
  • COVER_LETTER — cover letter (міндетті емес).
  • RESPONSE_TO_REVIEWERS — response to рецензияers (for түзету нұсқалары).

2.2 Скачивание

2.2 Download

2.2 Жүктеп алу

  • В списках файлов используйте кнопку/ссылку Open.
  • Система выдаёт файл через защищённый endpoint (например, /Contig/download?id=…).
  • Use the Open link/button in file lists.
  • Files are delivered via protected endpoints (e.g., /Contig/download?id=…).
  • Use the Ашыңыз link/button in файл lists.
  • Files are delivered via protected endpoints (e.g., /Contig/жүктеп алу?id=…).
Рекомендуется хранить загрузки выше public webroot (например, /Contig/storage/uploads) и выдавать файлы только через контроллеры с проверкой прав (RBAC).
Recommended: store uploads above the public webroot (e.g., /Contig/storage/uploads) and expose them only through controllers with RBAC checks.
Recommended: store жүктеуs above the public webroot (e.g., /Contig/storage/жүктеуs) and expose them only through controllers with RBAC checks.

3. Инструкция для Авторов

3. Author guide

3. Автор guide

3.1 Вход и профиль

3.1 Login and account

3.1 Login and аккаунт

  1. Откройте /Contig/login и войдите.
  2. Если аккаунта нет — зарегистрируйтесь через /Contig/register.
  3. Если забыли пароль — используйте /Contig/forgot, получите письмо и задайте новый пароль.
  1. Open /Contig/login and sign in.
  2. If you do not have an account, register at /Contig/register.
  3. If you forgot the password, use /Contig/forgot, receive an email, and set a new password.
  1. Ашыңыз /Contig/кіру and Кіру.
  2. If you do not have an аккаунт, register at /Contig/register.
  3. If you forgot the құпиясөз, use /Contig/forgot, receive an электрондық пошта, and set a new құпиясөз.

3.2 Подача новой рукописи

3.2 New submission

3.2 New қолжазбаны тапсыру

  1. Перейдите в /Contig/author/submissions.
  2. Нажмите New submission (или откройте /Contig/author/new).
  3. Заполните метаданные (название, аннотация и т.п.).
  4. Загрузите обязательные файлы (минимум MAIN_DOC).
  5. Отправьте форму. Статус станет SUBMITTED.
  1. Go to /Contig/author/submissions.
  2. Click New submission (or open /Contig/author/new).
  3. Fill in the manuscript metadata (title, abstract, etc.).
  4. Upload required files (at minimum MAIN_DOC).
  5. Submit the form. Status becomes SUBMITTED.
  1. Go to /Contig/author/қолжазбаны тапсыруs.
  2. Басыңыз New қолжазбаны тапсыру (or ашыңыз /Contig/author/new).
  3. Fill in the қолжазба metadata (title, abstract, etc.).
  4. Жүктеу міндетті файлдар (at minimum MAIN_DOC).
  5. Тапсыру the форма. Мәртебе becomes SUBMITTED.

3.3 Просмотр поданной рукописи

3.3 View your submission

3.3 View your қолжазбаны тапсыру

  • Откройте карточку рукописи: /Contig/author/view?id=….
  • Проверьте список файлов и статусы.
  • При необходимости скачайте загруженные документы.
  • Open: /Contig/author/view?id=….
  • Check file list and current status.
  • Download files as needed.
  • Ашыңыз: /Contig/author/view?id=….
  • Check файл list and current мәртебе.
  • Жүктеп алу файлдар as needed.

3.4 Решение редактора

3.4 Editorial decision

3.4 Редакциялық шешім

  • Если решение принято, доступна страница: /Contig/author/decision?id=….
  • Там будет письмо автору и код решения: ACCEPT, MINOR, MAJOR, REJECT.
  • When a decision is recorded, use: /Contig/author/decision?id=….
  • You will see the decision letter and decision code: ACCEPT, MINOR, MAJOR, REJECT.
  • When a шешім is recorded, use: /Contig/author/шешім?id=….
  • You will see the шешім letter and шешім code: ACCEPT, MINOR, MAJOR, REJECT.

3.5 Подача ревизии (Revision)

3.5 Submit a revision

3.5 Тапсыру a түзету нұсқасы

  1. Если статус REVISION_REQUESTED, откройте: /Contig/author/revision?id=….
  2. Загрузите новую версию рукописи (например, MAIN_DOC), а также RESPONSE_TO_REVIEWERS (желательно).
  3. Добавьте “Note to editor” (кратко: что изменили).
  4. Отправьте. Статус станет REVISION_SUBMITTED, а система создаст новую версию (v2, v3, …).
  1. If status is REVISION_REQUESTED, open: /Contig/author/revision?id=….
  2. Upload the revised manuscript (e.g., MAIN_DOC) and preferably RESPONSE_TO_REVIEWERS.
  3. Add a “Note to editor” summarizing changes.
  4. Submit. Status becomes REVISION_SUBMITTED and a new version (v2, v3, …) is created.
  1. If мәртебе is REVISION_REQUESTED, ашыңыз: /Contig/author/түзету нұсқасы?id=….
  2. Жүктеу the revised қолжазба (e.g., MAIN_DOC) and preferably RESPONSE_TO_REVIEWERS.
  3. Add a “Note to editor” summarizing changes.
  4. Тапсыру. Мәртебе becomes REVISION_SUBMITTED and a new version (v2, v3, …) is құруd.
Рекомендуется давать версии файлов с понятными именами: Manuscript_v2.docx, Response_v2.pdf.
Use clear versioned filenames: Manuscript_v2.docx, Response_v2.pdf.
Use clear versioned файлnames: Қолжазба_v2.docx, Response_v2.pdf.

4. Инструкция для Рецензентов

4. Reviewer guide

4. Рецензент guide

4.1 Приглашения

4.1 Invitations

4.1 Invitations

  1. После входа откройте /Contig/reviewer/invitations.
  2. Вы увидите список приглашений со статусом (INVITED, ACCEPTED, DECLINED, COMPLETED).
  3. Нажмите Accept или Decline. При наличии конфликта интересов отметьте COI.
  1. After login, open /Contig/reviewer/invitations.
  2. You will see invitations with statuses (INVITED, ACCEPTED, DECLINED, COMPLETED).
  3. Click Accept or Decline. If you have a conflict of interest, mark COI accordingly.
  1. After кіру, ашыңыз /Contig/рецензияer/invitations.
  2. You will see invitations with мәртебеes (INVITED, қабылданды, DECLINED, COMPLETED).
  3. Басыңыз Accept or Decline. If you have a мүдделер қақтығысы, mark COI accordingly.

4.2 Подача рецензии

4.2 Submit a review

4.2 Тапсыру a рецензия

  1. После принятия приглашения появится кнопка Submit review.
  2. Заполните:
    • Рекомендацию: ACCEPT / MINOR / MAJOR / REJECT
    • Комментарии автору (обязательно; минимум 50 символов)
    • Комментарии редактору (опционально)
    • При необходимости — прикрепите annotated PDF
  3. Нажмите Submit. Статус приглашения станет COMPLETED.
  1. After accepting an invitation, you will see Submit review.
  2. Provide:
    • Recommendation: ACCEPT / MINOR / MAJOR / REJECT
    • Comments to author (required; minimum 50 characters)
    • Comments to editor (optional)
    • Optional annotated PDF upload
  3. Click Submit. The invitation becomes COMPLETED.
  1. After accepting an invitation, you will see Тапсыру рецензия.
  2. Provide:
    • Recommendation: ACCEPT / MINOR / MAJOR / REJECT
    • Comments to author (міндетті; minimum 50 characters)
    • Comments to editor (міндетті емес)
    • Optional annotated PDF жүктеу
  3. Басыңыз Тапсыру. The invitation becomes COMPLETED.
Повторная подача рецензии “поверх” уже отправленной должна быть заблокирована: одна рецензия на одно приглашение.
Re-submitting a review over an already submitted one must be blocked: one review per invitation.
Re-тапсыруting a рецензия over an already тапсыруted one must be blocked: one рецензия per invitation.

4.3 Повторное рецензирование (Re-review)

4.3 Re-review

4.3 Re-рецензия

  • Если автор подал новую версию (например, v2), редактор создаёт новое приглашение, привязанное к этой версии.
  • В интерфейсе вы увидите, к какой версии относится приглашение (v2, v3…).
  • When a new revision is submitted (e.g., v2), the editor issues a new invitation bound to that version.
  • The UI shows the version associated with the invitation (v2, v3…).
  • When a new түзету нұсқасы is тапсыруted (e.g., v2), the editor issues a new invitation bound to that version.
  • The UI shows the version associated with the invitation (v2, v3…).

5. Инструкция для Редакторов

5. Editor guide

5. Редактор guide

5.1 Triage

5.1 Triage

5.1 Triage

  1. Откройте /Contig/editor/triage.
  2. Просмотрите новые поступления (статус SUBMITTED).
  3. Откройте рукопись: /Contig/editor/manuscript?id=….
  1. Open /Contig/editor/triage.
  2. Review new submissions (status SUBMITTED).
  3. Open a manuscript: /Contig/editor/manuscript?id=….
  1. Ашыңыз /Contig/editor/triage.
  2. Review new қолжазбаны тапсыруs (мәртебе SUBMITTED).
  3. Ашыңыз a қолжазба: /Contig/editor/қолжазба?id=….

5.2 Назначение рецензентов

5.2 Invite reviewers

5.2 Invite рецензияers

  1. В карточке рукописи используйте блок Invite reviewer.
  2. Выберите рецензента, при необходимости задайте due date.
  3. Отправьте приглашение — появится запись в Invitations.
  1. In the manuscript page, use the Invite reviewer block.
  2. Select a reviewer and optionally set a due date.
  3. Send the invitation; it will appear in the Invitations list.
  1. In the қолжазба page, use the Invite рецензияer block.
  2. Таңдаңыз a рецензияer and міндетті емесly set a due date.
  3. Send the invitation; it will appear in the Invitations list.

5.3 Управление статусом

5.3 Status management

5.3 Мәртебе management

  • В карточке рукописи выберите статус и нажмите Update.
  • Все изменения фиксируются в Status history.
  • On the manuscript page, select a status and click Update.
  • All changes are recorded in Status history.
  • On the қолжазба page, таңдаңыз a мәртебе and басыңыз Жаңарту.
  • All changes are recorded in Мәртебе history.

5.4 Редакционное решение

5.4 Editorial decision

5.4 Редакциялық шешім

  1. В карточке рукописи заполните Editorial decision.
  2. Выберите код решения и подготовьте письмо автору.
  3. Опционально приложите PDF.
  4. Сохраните решение. Статус обычно становится DECISION_MADE (или REJECTED для финального отказа).
  1. Fill Editorial decision on the manuscript page.
  2. Select a decision code and write the letter to the author.
  3. Optionally attach a PDF.
  4. Save. The status typically becomes DECISION_MADE (or REJECTED for a final rejection).
  1. Fill Редакциялық шешім on the қолжазба page.
  2. Таңдаңыз a шешім code and write the letter to the author.
  3. Optionally тіркеу a PDF.
  4. Save. The мәртебе typically becomes DECISION_MADE (or қабылданбады for a final rejection).
Практика: для MINOR/MAJOR ставьте статус REVISION_REQUESTED, чтобы автор увидел форму ревизии.
Recommended: for MINOR/MAJOR, set status REVISION_REQUESTED so authors can submit a revision.
Recommended: for MINOR/MAJOR, set мәртебе REVISION_REQUESTED so authors can тапсыру a түзету нұсқасы.

6. Revision cycle и повторное рецензирование

6. Revision cycle and re-review

6. Түзету нұсқасы cycle and re-рецензия

6.1 Версии рукописи

6.1 Manuscript versions

6.1 Қолжазба versions

  • Каждая поданная ревизия создаёт запись версии (v2, v3, …) в таблице версий.
  • Файлы ревизии сохраняются отдельно и отображаются как “Revision files”.
  • Each submitted revision creates a new version record (v2, v3, …).
  • Revision files are stored separately and shown as “Revision files”.
  • Each тапсыруted түзету нұсқасы құруs a new version record (v2, v3, …).
  • Түзету нұсқасы файлдар are stored separately and shown as “Түзету нұсқасы файлдар”.

6.2 Привязка приглашений к версиям

6.2 Version binding for invitations

6.2 Version binding for invitations

  • Каждое приглашение рецензента должно иметь version_id (к какой версии относится review).
  • После новой ревизии создавайте новые приглашения для re-review (новая версия → новое приглашение).
  • Each reviewer invitation should include version_id (which version the review applies to).
  • After a new revision, issue new invitations for re-review (new version → new invitation).
  • Each рецензияer invitation should include version_id (which version the рецензия applies to).
  • After a new түзету нұсқасы, issue new invitations for re-рецензия (new version → new invitation).

6.3 Блокировка повторной отправки рецензии

6.3 Blocking duplicate reviews

6.3 Blocking duplicate рецензияs

  • Одна рецензия на одно приглашение: если review уже создан, повторная отправка должна быть заблокирована.
  • При необходимости повторного рецензирования — создаётся новое приглашение, привязанное к новой версии.
  • One review per invitation: if a review already exists, re-submission must be blocked.
  • For re-review, create a new invitation bound to the new version.
  • One рецензия per invitation: if a рецензия already exists, re-қолжазбаны тапсыру must be blocked.
  • For re-рецензия, құру a new invitation bound to the new version.

7. Безопасность и типовые ошибки

7. Security and common issues

7. Қауіпсіздік and жиі кездесетін мәселелер

  • RBAC: доступ к страницам ограничен ролями. При ошибке доступа ожидайте HTTP 403/redirect.
  • CSRF: формы используют CSRF-токены. Если видите “Bad CSRF” — обновите страницу и повторите.
  • Скачивание файлов: ссылки вида ?id=… должны содержать только целые числа; “Bad id” указывает на ошибку шаблона.
  • Хранение секретов: не публикуйте DB-пароли. Используйте переменные окружения или закрытые конфиги.
  • RBAC: pages are protected by roles. On unauthorized access, expect HTTP 403/redirect.
  • CSRF: forms use CSRF tokens. If you see “Bad CSRF”, refresh the page and try again.
  • File downloads: ?id=… must be an integer; “Bad id” indicates a template/link bug.
  • Secrets: never publish DB passwords. Use environment variables or private configs.
  • RBAC: pages are protected by roles. On unauthorized access, expect HTTP 403/redirect.
  • CSRF: формаs use CSRF tokens. If you see “Bad CSRF”, refresh the page and try again.
  • File жүктеп алуs: ?id=… must be an integer; “Bad id” indicates a template/link bug.
  • Secrets: never publish DB құпиясөзs. Use environment variables or private configs.

8. Поддержка

8. Support

8. Қолдау

При проблемах подготовьте следующие данные:

When reporting an issue, please provide:

When reporting an issue, please provide:

  • URL страницы и роль пользователя (AUTHOR/REVIEWER/EDITOR).
  • Скриншот ошибки или текст сообщения.
  • Время (локальное) и ID рукописи/приглашения, если применимо.
  • Page URL and user role (AUTHOR/REVIEWER/EDITOR).
  • Error screenshot or message text.
  • Local time and manuscript/invitation ID where applicable.
  • Page URL and user role (AUTHOR/REVIEWER/EDITOR).
  • Error screenshot or message text.
  • Local time and қолжазба/invitation ID where applicable.

Администратор может дополнительно проверить логи сервера (Apache/Nginx/PHP error_log) и таблицы workflow.

Admins can also check server logs (Apache/Nginx/PHP error_log) and workflow tables.

Admins can also check server logs (Apache/Nginx/PHP error_log) and workflow кестеs.